سازمان مجاهدین اسلامی، برپایه دیدگاه مهندس طاهری مبنی بر جهاد اصغر، جهاد اوسط و جهاد اکبر، به پرورش نیروهای انقلابی جوان و نوجوان در کشور پایه‌ریزی شد.
یادداشتی از محمدمهدی اسدزاده؛
مهندس انقلاب در فارس که بود؟
تاریخ انتشارسه شنبه ۱۴ بهمن ۱۳۹۹ ساعت ۱۹:۱۹
به گزارش حافظ خبر؛ مرحوم مهندس رجبعلی طاهری از پویاترین نیروهای مبارزه انقلابی و کنش‌گران سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و عقیدتی فارس به شمار می‌آید. آن چه در پی می‌آید برآمده از گفتگوهای نویسنده است. هرجا نیاز دیده شد تا از خاطرات دیگران نیز بهره گرفته شود، با ذکر سند بیان شد.
مرحوم مهندس رجبعلی طاهری، زاده 29 شهریور 1315 در یکی از خانواده‌های مسلمان کنشگر سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و عقیدتی کازرون است.
هنوز پای به مدرسه نگذاشته بود که زبانه‌های جنگ جهانی دوم به ایران به سوی ایران کشیده شد و هرچند شاه و فرماندهی ارتش دستور همگامی با اشغالگران را دادند، برخی از ارتشی‌ها، دلیرانه در برابر آنها ایستادند. این ایستادگی در برابر سیل بنیان برافکن استعمارگران، فروریخت و ایران به اشغال شغال‌های انگلیسی در جنوب و مرکز، شوروی در شمال و مرکز و ایالات متحده آمریکا در مرکز، درآمد.
سنگرهای بسیج مردمی نیز که در جنگ جهانی نخست ایستادگی استواری از خود داشتند، با پی‌ریزی شاهنشاهی پهلوی، یکی پس از دیگری در سراسر ایران شکسته شده بودند و رهبران و فرماندهان آنها یا چون میرزا کوچک خان جنگلی، شیخ محمد خیابانی، محمدتقی خان پسیان و ... به شهادت رسیدند یا چون ناصر دیوان کازرونی، صولت‌الدوله قشقایی، زائر خضرخان و ... در بند و خانه‌نشین شدند یا به همکاری و همگامی با پهلوی‌ها و استعمارگران انگلیسی و شوروی پرداختند.
اشغالگران، روز به روز فشار خود را بر مردم بیشتر کردند. این افزایش فشار همراه با تفرقه‌افکنی، زمینه را برای هر گونه خیزش روبروی آنان از بین می‌برد.
اشغالگران که دیگر بر همه جان، مال و ناموس مردم سوار شده بودند، از هیچ چپاول، دزدی و هیزی نمی‌گذشتند؛ دیگری خوراکی برای مردم نگذاشته بودند.
رجبعلی طاهری، کودکی بود که هر روز این چپاولگری‌ها را که با پشتیبانی نیروهای حکومتی همراه بود، به چشم می‌دید.
رجبعلی که به مدرسه وارد شد، وضعیت اقتصادی مردم روز به روز بدتر می‌شد. این شد که قشقایی‌های فارس به فرماندهی ناصرخان و خسروخان قشقایی از تیر 1322 بر چپاول‌گران دولتی و بیگانه برخاستند و گستره پویایی خیزش خود را به برخی شهرستان‌های فارس رساندند.
رجبعلی طاهری درباره ورود قشقایی‌ها به کازرون چنین می‌گوید: آن هنگام دانش‌آموز دبستانی بودم. پدرم برای بازرگانی راهی شیراز شده بود. یک روز، هنگام برگشتن از مدرسه به خانه، مردم را نگران و هراسان دیدم. کنجکاوی‌ام مرا بر آن داشت تا بفهمم چه شده است. به خانه که آمدم، خانه را بیش از بیرون در تشویش و اضطراب دیدم. شاید به این دلیل که پدر نیز در مسافرت بود. هنگام ناهار فهمیدم که ترکان قشقایی پس از فیروزآباد، در راه گرفتن کازرون هستند. ترس از غارت و چپاول ترکان، همه شهر را در وحشتی عمیق و سکوتی دهشتناک فرو برد. هر چه بیشتر می‌گذشت، مردم بیشتر در پی آن بودند تا مال و اموال‌شان را و هر آن چه دار و ندارشان است پنهان کنند، تا شاید از چپاول ایمن بماند. این شورش ترکان برای برون رفتن از قحطی و فشار گرسنگی بود. این فشارها نه تنها ترکان که همه مردم را در دشوار سختی فرو برده بود. گرسنگی تنها مشکل مردم در آن روزگار نبود که باید همه‌گیری بیماری‌ها را نیز به آن افزود. ترکان قشقایی که بیش از دیگران در فشار بودند، اکنون با یکپارچکی به فرماندهی ناصرخان و خسروخان بپاخواسته بودند. چند روزی، هنگام بیرون آمدن از مدرسه، ماشین زرهی ژاندرمری را می‌دیدم که فردی با لباس نظامی بر روی آن ایستاده و با بوقی در دست از نزدیک شدن ترکان خبر می‌داد. اینگونه می‌خواستند با ترساندن مردم، آنان را به کمک فراخوانند؛ اما مردم از کوچه و خیابان فرار می‌کردند. مردم خوش داشتند همان شورشی‌ها شهر را بگیرند تا اندکی از ستم‌های خان و بیگانه رهایی یابند. سرانجام در شبی تاریک که زوزه سگ‌ها و گرگ‌ها در سکوت شب، همچون شب‌های دیگر وحشتی طبیعی در خود داشت، با بلند شدن صدای توپ و تفنگ، شهر به لرزه درآمد. ترک‌ها کازرون را محاصره کرده بودند. این صداها تا بامداد قطع نشد. بامداد که برای رفتن به مدرسه، از خانه بیرون آمدیم، هنوز بوی باروت می‌آمد. به مسجد امام‌زاده (این مسجد که به امام‌زاده بی‌گنبد هم شناخته می‌شود در کوی مصلی کازرون جا دارد) که رسیدم پیکرهای بی‌جان و خونین سربازان را در کنار گنبد استوانه‌ای امام‌زاده تماشا کردم؛ پیکرهایی که تا چند روز در همان جا افتاده بود. درگیری‌ها دو سه شب ادامه داشت؛ تا آن که شهر به دست ترکان افتاد. ترکان بر تل‌های گرداگرد کازرون، چادرهای خویش برپا کردند و چند روزی ماندنی شدند. مردم کازرون نیز همگام با عشایر، به اداره‌ها می‌رفتند و اداره‌ها یکی پس از دیگری بدست مردم می‌افتاد. از همه مهم‌تر، انبارها و سیلوهای پر از غله، اداره غله بود؛ زیرا مردم نان شب را هم نداشتند. آن چه در این هنگام کنجکاویم را برمی‌انگیخت، هواپیماهای انگلیسی بود، که شهر را پی در پی بمباران می‌کردند. قشقایی‌ها پس از چند روز، کازرون را به سوی شیراز ترک کردند. (گفتنی است که در اسناد مکتوب شهربانی وقت، از این رخداد، هواپیماها ایرانی و انگلیسی نوشته شده است.)
با پایان یافتن نهضت قشقایی‌ها، او به همراه خانواده به شیراز رفت و دو سالی را در شیراز ماند. با برگشتن خانواده به کازرون او و برادرش محمدحسن برای ادامه تحصیل در شیراز ماندند.
ماندگاری آنان در شیراز، با آغاز نهضت ملی همراه شد. او و برادرش نیز نخستین گام‌های مبارزه سیاسی، اجتماعی و فرهنگی خود را در این برهه برداشتند و با نهضت ملی همگام شدند.
مبارزه‌های سیاسی آن روزگار، از هر سو، به جبهه ملی و نهضت ملی شدن صنعت نفت می‌رسید. در استان فارس تا آن هنگام، هیچ نهاد مبارزی وجود نداشت. با آمدن حسین راضی به شیراز، نخستین پایگاه مبارزه سیاسی نیز راه‌اندازی شد. حسین راضی از رهبران جریان اسلام‌گرای نهضت خداپرستان سوسیالیست بود. این نهضت برای همسویی بیشتر تا رسیدن به پیروزی، در سال 1329، با حزب ایران یکی شد. حزب ایران، حزبی با رهبری اللهیار صالح و گرایش‌های سکولار، ملی‌گرا و سوسیال دمکرات، بود که پایبندی اسلامی نداشت. با این همه، حسین راضی، که اکنون از اعضای شورای مرکزی حزب ایران به شمار می‌رفت، برای راه‌اندازی حزب ایران شاخه استان فارس، راهی شیراز شد. این حزب افزون بر مبارزه سیاسی با استعمار، با توده‌ای‌ها و سلطنت‌طلبان به ویژه حزب برادران (این حزب را آیت‌الله سید نورالدین حسینی‌الهاشمی از علمای بزرگ و متنفذ شیراز رهبری می‌کرد)، نیز درگیری پیدا کرد.
با راه‌اندازی حزب ایران در شیراز، رجبعلی نوجوان نیز به این حزب پیوست و از دانش‌آموزان پویای سیاسی جبهه ملی شد؛ هرچند یک سال بعد برای آن که در کنار خانواده باشد، به کازرون برگشت.
برگشت او به کازرون نه تنها او را از مبارزه دور نکرد، که همه خانواده را نیز درگیر مبارزه سیاسی کرد. او و پدرش در کنار دیگر مبارزان و روشنفکران کازرون، حزب ایران را در کازرون پایه‌ریزی کردند. وی در این باره چنین می‌گوید: شهر بسیار پر هیاهو بود. راه‌ندازی حزب در کازرون برای بسیاری از مردم، به شدت هیجان‌آور بود. دکتر (کریم) سنجابی، برای گشایش دفتر حزب به کازرون آمد. از همین هنگام نیز تبلیغات حزب در کازرون آغاز شد که می‌توان این رخداد را آغاز نهضت ملی در کازرون دانست.
این مبارزه‌ها در سال 1329 افزایش بیشتری یافت تا در اسفند آن سال، خروش مردمی با گلوله خلیل طهماسبی به اوج خود رسید. مهندس طاهری در این زمینه نیز می‌گوید: پس از چندین سال، هنگامی که با عزت‌الله سحابی هم‌بند شدم، سحابی برایم از روزهای نهضت می‌گفت: در آن روزها نواب صفوی به دیدن مصدق آمد. به مصدق و دیگر نمایندگان جبهه ملی گفت: چرا معطلید؟ چرا کاری نمی‌کنید؟ مشکل شما چیست؟ مصدق به نواب صفوی گفت: مشکل ما رزم‌آراست. نواب صفوی نعلبکی استکان چایش را از زیر استکان برداشت و بر روی استکان گذاشت و قاطعانه گفت: حل است. چند روز بعد رز‌م‌آرا ترور شد.... ملک و ملت ایران، عید آن سال را بسیار شیرین‌تر از هر سال جشن گرفتند. عیدی که با مجاهدت فداییان اسلام، به کام ملت شیرین شده بود.
رجبعلی سال 1330 و 1331 را چنین روایت می‌کند: با آغاز سال 1330 دو جریان شروع به سنگ‌اندازی، تمسخر و استهزا دولت مصدق گرفتند. توده‌ای‌ها و سلطنت‌طلب‌ها. این امر در شهر ما هم وجود داشت. حزب توده که هنوز عمر زیادی در کازرون نداشت به اهانت، تمسخر، استهزا و تبلیغ علیه مصدق می‌پرداخت و حزب ایران به شدت با آنها روبرو می‌شد، و از دولت مصدق پشتیبانی می‌کرد.
در تیرماه 1331 و با کنار گذاشته شدن مصدق از نخست‌وزیری، ایران یک بار دیگر فریاد خروش خود را در خیزش 30 تیر به گوش همگان رساند. مهندس طاهری در این باره می‌گوید: ما در حزب ایران شهرستان کازرون برنامه‌ریزی‌هایی انجام دادیم؛ از این رو همگام با همه کشور در روز 30 تیر تظاهرات با شکوهی برپا شد. روز 30 تیر بود. میدان خیرات (میدان شهدای کنونی) پر از مردمی شده بود که به پشتیبانی از مصدق فریاد می‌کشیدند... نزدیکی‌های غروب، تلگراف حکم نخست‌وزیری مصدق به کازرون رسید. خوانده شدن این تلگراف در میدان خیرات، گرد‌هم‌آیی مردم را با لبخند خرسندی و شادابی به پایان آورد. بی‌گمان این بزرگترین شیرینی بود که به آنها داده شد. هنگامی که خواندن تلگراف پایان یافت، فریاد سرور مردم، از هر گوشه شهر برخواست. برگشتن مصدق به نخست‌وزیری، را باید نقطه عطفی در تاریخ مردم‌سالاری ایران دانست. نقطه‌ای که با ایستادگی مردم در برابر استبداد و استعمار بوجود آمد و هیچ‌گاه از تاریخ این مرز و بوم پاک نخواهد شد.
وی چگونگی مبارزه در این چهارده ماه را اینگونه بیان می‌کند: در استان فارس و به تبع آن کازرون، دو جریان از همان سال 29 و به ویژه در این چهارده ماه علیه مصدق کار می‌کردند. یکی حزب توده و دیگری حزب برادران بود. این دو بیشترین حملات، توهین‌ها و لودگی‌ها را علیه مصدق، دولت ملی، هواداران و مبارزان حتی آیت‌الله کاشانی و فداییان اسلام انجام می‌دادند. از سویی ما و دوستان‌مان نیز در پشتیبانی از مصدق و جریان مبارزات ملی ایران هر چه از دست‌مان برمی‌آمد انجام می‌دادیم... رادیو هم در دست دولت بود و شاید این تنها رسانه‌ای بود که مصدق می‌توانست بی‌هیچ ترس، هراس و سانسوری در آن به تبیین مواضع خود برای مردم ایران بپردازد. غیر از رادیو و چند نشریه که آنها نیز صددرصد در اختیار نهضت نبودند، که گاه آنها هم علیه او کار می‌کردند؛ باید گفت دیگر رسانه‌ها، از داخلی، که آن روز بیشتر نشریات بودند و رسانه‌ها بیگانه از رادیو بی.بی.سی غرب گرفته تا رادیو شوروی بلوک شرق، یعنی از شرق تا غرب جهان، همه علیه مصدق و نهضت ملی مردم ایران بودند. این‌ها نه تنها علیه مصدق فعالیت می‌کردند که تلاش در ایجاد چندپارگی و شکاف بین رهبران نهضت و صفوف پایدار مردم داشتند و در این راه هر کاری را بر خود حلال می‌دانستند.
در بهمن ماه 1331 و اوج‌گیری درگیری‌های درون‌حزبی، هواداران مسلمان حزب ایران، حزب آزادی مردم ایران را پایه‌ریزی کردند. به گونه‌ای که مهندس عزت‌الله سحابی در کتاب نیم قرن خاطره و تجربه در این باره می‌نویسد: همین زمان اعضای نهضت (نهضت خداپرستان سوسیالیست که زیر پرچم حزب آزادی مردم ایران فعالیت می‌کردند) در شهرستان‌ها و برخی از اعضای حزب ایران در شیراز و مشهد، از اعضای جمعیت آزادی مردم ایران و وابستگان به جبهه ملی ایران فعالیتهای خود را گسترش می‌دادند و بدین ترتیب حزب گسترش یافت. در همین حال جمعیت آزادی مردم ایران فعالیتهای خود را جدا از استان‌ها و مراکز به سمت شهرستان‌های کوچک سوق داد که در حقیقت مأموریت خود را در مبارزه با حزب توده و سلطنت‌طلبان در یک سو و آگاهی‌رسانی و مبارزه با فقر و بی‌سوادی در سوی دیگر می‌دید.
مهندس طاهری در این باره چنین می‌گوید: در شیراز نیز با جدا شدن (علی) شریعتمداری و (محمود) پیمان که از پایه‌گذاران حزب ایران بودند و راه‌اندازی حزب مردم ایران در شیراز، بیشتر کسانی که رویکردی اسلام‌گرا داشتند، به حزب مردم پیوستند. از آن دسته می‌توان به برادرم دکتر محمدحسن طاهری اشاره داشت که آن هنگام روزهای پایان دانش‌آموزی را سپری می‌کرد. با تلاش برادرم، در کازرون نیز این جدایی رخ داد و منوچهر مظفریان، حبیب معنویان، من و دکتر هاشمی، حزب مردم ایران را پایه‌گذاری کردیم؛ هر چند پدرم در حزب ایران ماند. این جدایی در سراسر کشور، تنها در بُعد مسایل اصولی و ایدئولوژیک بود و از نظر سیاسی نه تنها روبروی هم نایستادند، که در کنار هم برای ملی شدن کشور مبارزه کردند و یکپارچگی، همدلی، برادری و دوستی همچون گذشته ماند.
طاهری روزهای نیمه دوم سال 1331 تا 28 مرداد را اینچنین برای‌مان می‌شناساند: در پی حملات و سنگ‌اندازی‌های مخالفین و دشمنان، مصدق در هر بار به تندی برای رهایی آن مسئله و بحران، دست به دامان مردم می‌شد و از مردم می‌خواست تا وارد عمل شوند. مردم سراسر کشور هم که دولت و دولتمردان را از خود می‌دانستند و گمان داشتند که ماندگاری این دولت، مانایی شرافت، عزت، غیرت، همیت و ملیت خود آن‌هاست، سریعاً وارد عرصه شده و خیابان‌ها مملو از جمعیتی می‌شد که در پشتیبانی از مصدق شعار می‌دادند؛ دقیقاً همچون حضور مردم در راهپیمایی‌های 22 بهمن یا روز قدس، در روزگار پس از پیروزی انقلاب اسلامی. یکی دو تن همیشه از سوی حزب ایران یا مردم ایران درباره کارکرد و تشریح صحبت‌ها و عملکرد و چرایی آن سخنرانی می‌کردند. برخی هم به پست و تلگراف می‌رفتند و خیزش خودجوش مردم در پشتیبانی از مصدق را به تهران مخابره می‌فرستادند.
با فروافتادن دولت مصدق در 28 مرداد 32، مبارزان و سیاسیون تحت تعقیب گرفتند و فراری شدند. در این روزها که همه کنش‌گران سیاسی یا در زندان بودند یا زندگی پنهانی داشتند، رجبعلی نوجوان با دوستان خود در مدرسه، با هدایت منوچهر مظفریان، همچون گذشته پویایی خود را داشت تا در اسفند همان سال، برای نخستین بار دستگیر و چند روزی بازداشت شد.
طاهری در این باره چنین می‌گوید: در ارتباط با پخش این نشریه‌ها و اعلامیه‌ها برای نخستین بار در سال ۱۳۳۲ دستگیر شدم، که چون به سن قانونی نرسیده بودم پس از سه روز آزاد شدم. ما افزون بر شعارنویسی بر روی دیوار‌ها، پخش تراکت و اعلامیه در دبیرستان را نیز برعهده داشتیم. بر روی این اعلامیه‌ها نوشته شده بود: «مرگ بر رژیم زاهدی»، «مرگ بر رژیم شاهنشاهی»، «زنده باد مصدق» و ... ما برای پخش این اعلامیه از کمک یکی دیگر از دوستان نیزاستفاده می‌کردیم. در آن زمان هنوز ساواک به وجود نیامده بود و رکن دوم که بخشی از ارتش به حساب می‌آمد وظیفه ساواک را برعهده داشت. عوامل رکن دو با تطبیق دادن دست‌خط اعلامیه‌ها و اوراق امتحانی دانش‌آموزان دقیقاً دریافته بودند که نوشتن اعلامیه کار من بوده است و البته من هم پس از دستگیری منکر شدم.
پس از آزادی این بار با تنش کمتر و پویایی بیشتر در نشست‌های مطالعاتی منوچهر مظفریان که پنهانی برگزار می‌شد، شرکت می‌کرد.
طاهری با نشریات فداییان اسلام نیز آشنا بود و روزنامه «اصناف» را که ویژه درج اخبار مسایل فداییان اسلام بود را نیز می‌خواند. اعدام نواب صفوی و یارانش در سال 1334 تلخ‌ترین خاطره طاهری از آن سال‌هاست.
با پایان دوران دبیرستان و دریافت دیپلم در رشته ریاضی و شرکت در کنکور همان سال، در رشته کارشناسی ارشد پیوسته راه و شهرسازی دانشگاه پذیرفته شد و برای ادامه تحصیل راهی تهران می‌شود.
گذر دانشجویی او را با شخصیت‌های سیاسی – مذهبی کشور بیشتر آشنا کرد و دوستی با مبارزین و کنش‌گران فرهنگی، عقیدتی، سیاسی و اجتماعی رهاورد آن بود. گذری که او را بیش از پیش به مطالعه، پژوهش، خواندن و بررسی دیدگاه‌های دیگران و گاه گفتگو، مباحثه و مناظره با برخی شخصیت‌ها کشاند.
او در همان سال‌های نخست با محمد نخشب در حزب آزادی مردم ایران که تازه از زندان آزاد شده بود، بارها دیدار و گفتگو کرد. وی در این باره چنین می‌گوید: بسیار دوست داشتم با نخشب دیدار کنم و درباره اسلام سوسیالیسیتی گفتگو کنیم. در همان سال‌های نخست دانشجویی دیدارهایی با هم داشتیم که گاه به درازا می‌کشید. هرچند او نتوانست مرا به ایده اسلام سوسیالیستی برساند، مرا به پژوهش و اندیشیدن بیشتر در زمینه‌های اعتقادی و اجتماعی همچون عدالت و دادخواهی رهنمون کرد.
خفقان دهه سی، نه تنها مهندس طاهری جوان را به خوانش، پژوهش، بررسی و اندیشیدن بیشتری رساند که ساخت آرمان‌ها را برایش ساده‌تر کرد. پایان دهه سی، یعنی آغاز ورود به دوره دیگری از زندگی که ربع قرن از زندگانی را پشت سر می‌گذاشت. اکنون او مهندسی باسواد، کنش‌گری پویا و مسلمانی با دید روشن شده بود. اگر او را تا پیش از کودتای 28 مرداد، تنها یک کنشگر سیاسی ملی‌گرای کازرون می‌شناختند، پژوهش‌ها، خوانش‌ها، گفتگوها و ... از او اندیشمندی عقیدتی و ایدئولوژیک ساخته بود.
وی نقش مهمی در راه‌اندازی و گسترش انجمن‌های اسلامی دانشگاه‌ها (به ویژه دانشگاه شیراز) و هیت‌های حسینی در تهران و شیراز داشت. همکاری مستمر وی با هیأت حسین مظلوم تهران (دیوانگان حسینی) از سال 1339 و هیأت اتحاد حسینی شیراز از سال 1344 از مبارزه‌های فرهنگی و مذهبی او به شمار می‌آید.
سال 1339، دولت وقت از لزوم آزادی و انتخابات در کشور سخن گفت. این روزها همزمان با راه‌اندازی جبهه ملی دوم بود. نهضت آزادی نیز پس از راه‌اندازی، همگام با جبهه ملی در دانشگاه‌ها پویایی ویژه‌ای داشت. مهندس طاهری که از شاگردان مهندس مهدی بازرگان در دانشگاه بود و آشنایی مبارزاتی با او و آیت‌الله سید محمود طالقانی داشت، با انگیزه عقیدتی، به همکاری غیررسمی با نهضت آزادی پرداخت.
مهندس طاهری در سال 1340 توانست کارشناسی ارشد مهندسی راه و ساختمان خود را به پایان برساند و در سال 1341 به استخدام وزارت راه و ترابری درآید.
سال 1340، با درگذشت آیت‌الله بروجردی، ایران و شیعیان جهان را سوگوار کرد. رژیم تلاش داشت مرجعیت را از ایران خارج کند. رجبعلی طاهری می‌گوید: هرچند نام آیت‌الله سید روح‌الله خمینی نیز در کنار تنی چند از علمای دیگر به عنوان مرجع تقلید نوشته شده بود، رژیم تمایل خود را برای مرجعیت آیت‌الله سید محسن حکیم در عراق نشان می‌داد و در کشور هم آیت‌الله سید محمدکاظم شریعتمداری را مطرح می‌کرد. پس از طرح لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی مراجع حوزه علمیه قم با انتشار اعلامیه به مخالفت با این تصویب‌نامه برخاستند. با مخالفت‌های جدی علما این لایحه لغو شد.
وی همچنین گروهی سیاسی، مذهبی با عنوان «مسلمانان دانشگاه تهران به رهبری حضرت آیت‌الله‌العظمی خمینی نائب‌المهدی (ارواحنا فداه) به منظور سرنگونی رژیم طاغوت و برقراری حکومت اسلامی و عدالت اجتماعی» را پایه‌ریزی کرد. این گروه در سال‌های 1341 و 1342 با هماهنگی دیگر گروه‌های اسلامی، هیأت‌های مؤتلفه‌ی اسلامی را به وجود آورد.
طاهری و دوستان‌شان تلاش خود را بر همراهی همه نیروهای مذهبی همچون انجمن‌های اسلامی دانشجویان، نهضت آزادی و یا جبهه ملی، با روحانیت گذاشتند. این گروه نام مشخصی نداشت و اعلامیه‌هایی که در این مدت پخش می‌کردند غالباً به امضای «مسلمانان دانشگاه تهران» منتشر می‌شد. ساواک برای رسیدن به کانون اصلی این گروه نام «گروه مهندس طاهری» را بر آنها نهاد. در ششم بهمن سال 1341 رفراندوم شاه برگزار شد. امام خمینی بار دیگر سر شوریدن برداشت و گروه طاهری نیز این نوارها را تکثیر و در دسترس دانشجویان و مردم مردم قرار داد.
در واقعه مدرسه فیضیه که در دوم فرودین 1342 و در سالروز شهادت امام جعفر صادق رخ داد طاهری در مشهد بود. اما توانست با همکاری هیأت‌های مؤتلفه اسلامی، اعلامیه امام خمینی بر ضد شاه و اقدامات ضددینی حکومت را چاپ و پخش کند.
او از پانزدهم فروردین 1342 تا نیمه خرداد چندین بار با امام دیدار و کسب تکلیف کرد. او دستورات امام خمینی را چنین یادآوری می‌کند: در هر جا که می‌توانید مفاسد رژیم را فاش کنید، و تکلیف این است که در افشای رژیم کوشا باشید.
با فرارسیدن ماه محرم امام خمینی در نوشته‌ها و سخنرانی‌های خویش اصرار داشت که سوگواری فاجعه مدرسه فیضیه و پس از آن جنایات اسرائیل بر ضد اسلام مطرح شود. روز عاشورا که همزمان با 13 خرداد 1342 بود، امام سخنرانی شدیداللحنی علیه رژیم ایراد کرد و به مفتضح ساختن حکومت شاه پرداخت. گروه طاهری این سخنرانی‌ها را تکثیر کرد و به دست مردم می‌رساند. بامداد روز پانزده خرداد امام در قم دستگیر شد و برای محاکمه و اعدام، او را به تهران بردند. مهندس طاهری نیز در کنار کسانی چون آیت‌الله ربانی شیرازی، این بار نیز به پشتیبانی از امام خمینی، به سراغ کسانی رفت که امضای آنها مبنی بر مرجعیت، می‌توانست از دادگاهی شدن امام خمینی جلوگیری کند. تلاش‌های او و دیگران در درون و برون کشور، شاه را از برگزاری دادگاه برای امام خمینی، برحذر داشت و امام خمینی از زندان آزاد شد.
طاهری پس از 15 خرداد 1342، نه تنها در شیراز که با سفر به شهرستان‌های دیگر فارس و جنوب کشور و به ویژه کازرون، اندیشه‌های امام خمینی را گسترش بیشتری داد و با شناسایی جوانان و مبارزان اسلام‌گرا، به ساماندهی و هماهنگی آنها دست زد. این ساماندهی و هماهنگی، در روزهای نخست هیچ روندی نداشت و تنها به پخش دیدگاه‌های امام و ارتباط با آنها از یک سو و حلقه واصل بین نیروهای انقلابی پیرو خط امام از سوی دیگر انجامید. اما با ادامه روند مبارزه، این هماهنگی و ساماندهی‌ها، کم‌کم به شرکت راه‌سازی اتقن، که با مدیریت او بود، راه یافت تا سازماندهی را نیز بر دیگر کارهای سیاسی خود بیفزاید.
در سال 1342، کازرون برای نخستین بار توانست سید عبدالحسین طباطبایی، که از نزدیکان آیت‌الله سید احمد پیشوا (از شاگران امام خمینی که نمایندگی امام در امور شرعی را نز دارا بود) را به مجلس شورای ملی بفرستد.
آبان 1343، عبدالحسین طباطبایی، که از محدود نمایندگانی بود که به کاپیتالاسیون رأی نداد، آیت‌الله سید احمد پیشوا، را در جریان این لایحه می‌گذارد و پیشوا نیز به سرعت امام خمینی را از درون‌مایه لایجه آگاه می‌سازد. امام خمینی پس از آگاهی از لایحه، سخنرانی تاریخی خود را انجام می‌دهد که به تبعید او می‌انجامد.
با افزایش درگیری‌های سیاسی در سال 43 و دستگیری‌ها، طاهری نیز تحت تعقیب قرار گرفت.
چاپ و توزیع اعلامیههای امام خمینی و دیگر علما و مراجع تقلید، آشنایی برخی از علمای شیراز به اقدامات سیاسی و صدور اعلامیههای ضدرژیم، صدور اعلامیههای سیاسی علیه رژیم با عناوینی چون «مسلمانان مبارز شیراز»، «مجاهدین اسلام»، «مسلمانان دانشگاه» و...، برنامه‌ریزی برای تخریب مراکز فساد، برگزاری نشست‌های سیاسی همچون دعا و زیارت، سخنرانی‌های سیاسی، برگزاری نشست‌های تفسیر قرآن، راه‌اندازی یا همکاری در پایه‌ریزی و اداره‌ی انجمن‌های اسلامی دانش‌آموزان، دانشجویان و مهندسین، راه‌اندازی انجمن‌ها و صندوق‌های خیریه، تسخیر ساواک شیراز، خلع سلاح کلانتری 3 و شهربانی مرکزی شیراز و... گوشه‌ای از فعالیتهای سیاسی او در شیراز است.
با راه‌اندازی سازمان مجاهدین خلق و دیگر گروه‌های التقاطی در کشور که تلاش برای جذب، ساماندهی، سازماندهی و از همه مهم‌تر مصادره مبارزه به نام خود داشتند، در سال‌های پایانی دهه چهل، سازمان مجاهدین اسلام را پایه‌ریزی کرد. این سازمان نه تنها مبارزه با رژیم ستم‌شاهی که مبارزه با خرافات، التقاط، بهاییت، مارکسیسم و لیبرالیسم را نیز دنبال می‌کرد. سازمان مجاهدین اسلام با پشتوانه دانش دینی و بهره‌گیری از علمایی چون آیت‌الله شیخ بهاءالدین محلاتی که خود صاحب فتوا بود، آیت‌الله شهید سید عبدالحسین دستغیب، آیت‌الله سید احمد پیشوا، آیت‌الله شیخ عبدالرحیم ربانی شیرازی در فارس و شهید آیت‌الله بهشتی، شهید آیت‌الله مطهری، شهید آیت‌الله مفتح و دیگر علمای مبارز، راه مبارزه اسلامی را پی می‌گرفت.
سازمان مجاهدین اسلامی، برپایه دیدگاه مهندس طاهری مبنی بر جهاد اصغر، جهاد اوسط و جهاد اکبر، به پرورش نیروهای انقلابی جوان و نوجوان در کشور پایه‌ریزی شد. مهندس طاهری در این باره می‌گوید: پس از سال 1343 و دستگیری‌های گسترده و زندانی شدن بسیاری از مبارزین به نام که اسلام را تنها راه رهایی می‌دانستند، بسیاری از جوانان مبارز مسلمان دچار آشفتگی‌های سیاسی و گاه عقیدتی می‌شدند. این آشفتگی‌ها گاه آنها را به لیبرالیسم شاهی، گاه به مارکسیسم و گاه به التقاط با لیبرالیسم یا مارکسیسم می‌کشاند. این آشفتگی تنها برای جوانان مبارز مسلمان نبود که دیگر جریان‌های مبارز همچون مارکسیست‌های توده‌ای و لیبرال‌های ملی‌گرا را نیز در برگرفت. برخی چون محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن، علی‌اصغر بدیع‌زادگان و ... که همگی از نیروهای مسلمان و مبارز به شمار می‌آمدند، هرچند در آغاز به سوی پژوهش، خوانش و اندیشیدن رفتند، در ادامه راه، جدایی از روحانیت را با این اندیشه که دیگر نیازی به روحانیت سنتی نداریم، پیش گرفتند و به ورطه التقاط افتادند. این انحراف از همان آغاز با هشدار برخی از علما همچون آیت‌الله ربانی شیرازی مواجه شد. التقاط، شاید در آغاز زاویه‌ای کمی با اسلامی داشت تا آن جا که بسیاری از آن گذر می‌کردند؛ اما با مرگ رهبران اولیه خود، زاویه بیشتر و تندتری به خود گرفت تا آن جا که آیه قرآن را از آرم خود پاک کردند و با بیانیه پرچم رسماً از پایان اسلام سخن گفتند و از مجاهد بودن به منافق بودن رسیدند. از این رو با بینشی که از آغاز زایش این گونه سازمان‌ها در سال‌های پس از 1343 می‌دیدیم، سازمان مجاهدین اسلام را برای پاسداری از اسلام ناب محمدی و خط مبارزه و پیروی از امام خمینی راه‌اندازی کردیم.
وی در سال 1348 برای دیدار با امام خمینی به نجف رفت و پس از بازگشت، بازداشت و زندانی شد.
رجبعلی طاهری یکی از پویش‌های مهم این سازمان را اینگونه روایت می‌کند: با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در 12 خرداد 1349، شاه، می‌خواست تا با برگزاری آیین پرسه (ختم) برای این مرجع تقلید، مردم را از مبارزه دور کند و با برنامه‌ریزی خود برای مردم مرجع بسازد. ما در شرکت اتقن و سازمان مجاهدین اسلام با برنامه‌ریزی که از پیش انجام دادیم، آیین پرسه شاهنشاهی آیت‌الله حکیم را در شیراز با همکاری برخی از بانوان، به تعطیلی کشاندیم. از آن سو با همکاری و همراهی علمای طراز اول فارس، آیین دیگری را در مسجد نو شیراز، برگزار کردیم. در این آیین آیت‌الله سید احمد پیشوا که از خطبا و سخنرانان پرآوازه آن روزگار فارس بود (آیت‌الله سید احمد پیشوا از شاگردان امام خمینی است که از سال 1340 حکم شرعی نمایندگی امام خمینی در فارس دارا بود. وی همان کسی است که طرح کاپیتالاسیون را به امام منتقل کرد.)، سخنرانی آتشین و انقلابی داشت و زمینه‌سازی را انجام داد. همه علمای فارس به ویژه آیت‌الله محلاتی که خود صاحب فتوا و از مراجع تقلید فارس به شمار می‌آمد و شهید آیت‌الله دستغیب بیانیه‌ای را در تأیید مرجعیت عام امام خمینی تنطیم کرده بودند، که پس از سخنرانی آیت‌الله پیشوا، سید علی‌محمد دستغیب که آن روزگار طلبه جوان تا از نجف برگشته‌ای بود، آن را خواند. با خوانش بیانیه، نیروهای رژیم، که در مسجد بودند با همکاری و هماهنگی با بخش دیگری که بیرون از مسجد ایستاده بودند، با شلوغ‌کاری و هرج و مرج، مراسم را بهم ریختند.
وی ادامه می‌دهد: از آن جا که پویایی رزمی و فعالیتهای چریکی برای جوانان هم جذابیت داشت و هم در روند مبارزه می‌توانست به نیروهای سازمان کمک کند و در ایران امکان برگزاری این دوره‌ها و آموزش‌ها وجود نداشت؛ از طریق شهید دکتر مصطفی چمران با سازمان امل و امام موسی صدر در لبنان هماهنگی انجام شد. نخستین گروه اعزامی، با مرگ ناگهانی و شهادت‌گونه علیرضا و غلامرضا باقری‌نژاد در شهریور 1350، که با ما همکاری داشتند و به ویژه علیرضا که با گروه نخست باید به لبنان می‌رفت، به تعویق افتاد. پس از مدتی نیز سازمان شناسایی و به دستگیری ما و برخی از دوستان ما انجامید.
این سازمان نیز همچون دیگر سازمان‌ها و گروه‌های درگیر مبارزه، در سال 1350، شناسایی و 9 تیر 1351 مهندس طاهری دستگیر و به جرم چاپ و پخش کتاب ولایت‌فقیه امام خمینی و راه‌اندازی گروهی که ساواک از آن به گروه 9 تیر یاد می‌کند، به سه سال حبس در زندان عادل‌آباد شیراز محکوم شد.
مهندس طاهری در کتاب خاطرات که توسط سازمان اسناد انقلاب اسلامی با عنوان لبخندهای زمستانی منتشر شده است از گروه دیگری نیز یاد می‌کند و می‌گوید: گروه تازه‌ای از انقلابیون مسلمان در سال ۱۳۵۰ سازمان چریکی ابوذر را زیر نظر آیت‌الله ربانی شیرازی تاسیس کردند و به مبارزه علیه رژیم پرداختند. در این سال همچنین آیت‌الله ربانی دستگیر و زندانی گردید. برنامهریزیهای ما علیه جشن‌های ۲۵۰۰ ساله نیز بسیار گسترش یافت. برنامه‌های ما برای برهم زدن نظم جشن‌های ۲۵۰۰ ساله، در واقع به شکل مخالفت با شاه و ایجاد مانع برای برنامهریزیهای رژیم بود. یکی از برنامه‌های مهم رژیم در دانشگاه شیراز، مسابقه‌ای تحت عنوان «انتخاب دختر شایسته» بود که همزمان با این جشن‌ها صورت پذیرفت. هدف از این مسابقه انتخاب برهنه‌ترین و در عین حال زیباترین دختر دانشگاه بود که پس از گزینش توسط داوران به آمریکا اعزام می‌شد و در آنجا هم دختر شایسته جهان را انتخاب می‌کردند. ما که می‌دانستیم هدف اساسی و نهایی چنین مراسمی، ایجاد فضایی مملو از فساد و فحشاء در محیط دانشگاه است، ابتدا با انتشار اطلاعیه‌ای از دانشجویان خواستیم که در این اجتماع شرکت نکنند و تهدید کرده بودیم که چنانچه کسی در آن جمع حضور یابد مجازات خواهد شد و حداقل مجازات برای دختران شرکت کننده، پاشیدن روغن سیاه به سر و صورتشان بود. مجموع این تهدیدها به شدت بر نحوه کار تاثیر گذاشت، خصوصاً که گروهی از دانشجویان به رهبری آقایان دکتر بهتاش و مهندس محمد حجت با به آتش کشیدن پرده تالار مراسم و ایجاد رعب و هراس در بین شرکت‌کنندگان، محیط را متشنج کردند. در جریان مبارزه با برگزاری مراسم جشن‌های ۲۵۰۰ ساله نیز حرکت‌های مختلفی انجام شد که در جریان یکی از این برنامه‌ها، احمد توکلی دستگیر و از دانشگاه اخراج شد. قطع برق بسیاری از اماکن، انفجارهای متعدد در زمان برگزاری مراسم و پخش اعلامیههای ضد رژیم، از جمله اقداماتی بود که ما برای برهم زدن جشن‌های شاهنشاهی صورت دادیم. پخش اعلامیه در مراسم دعای کمیل، نمازجمعه، بازار وکیل و همچنین در مساجد صورت می‌گرفت. روش توزیع اعلامیه در مساجد به گونه‌ای بود که برای عدم شناسایی اعضای گروه، اعلامیه‌ها از دریچه‌های پشت بام روی سر مردم می ریختیم و مامورینی که در بین جمعیت قرار داشتند قادر به شناسایی یا دستگیری افراد ما نمی‌شدند. نوع فعالیت ما در این ایام، شرایطی را به وجود آورده بود که ساواک گیج و منگ شده و در همان حال برای دستگیری انقلابیون، از ساواک تهران به ساواک شیراز فشار آورده می‌شد. در تهران مشخص شده بود که گروهی به نام «گروه مهندس طاهری» مسئولیت این اقدامات را بر عهده دارد و عدم شناسایی گروه ما را از ناتوانی ساواک شیراز می‌دانستند. چندی پس از آن، با توجه به استفتایی که از مرحوم آیت‌الله محلاتی صورت گرفت و منتشر شد، تصمیم گرفتیم در مسجد ولیعصر شیراز مجلس ترحیمی به مناسبت تجلیل از مرحوم سعید محسن، اصغر بدیع‌زادگان و محمد حنیف‌نژاد که توسط رژیم اعدام شده بودند، برگزار کنیم. البته همزمان با دستگیری این سه نفر، تعدادی از علما و مراجع تلاش زیادی به عمل آوردند تا شاید از اعدام آنها جلوگیری نمایند اما فعالیت آنها به جایی نرسید و رژیم هر سه نفر را اعدام کرد. مجموعه این حرکت‌ها به علاوه برگزاری جلسات هفتگی سیاسی ـ مذهبی گروه که روزهای جمعه در مسجد شمشیرگرها برگزار می‌شد دست به دست هم داد و فعالیت عوامل ساواک که شدیداً در پی یافتن مدرک یا سرنخی برای شناسایی و دستگیری اعضای گروه ما بودند را بسیار تشدید می‌کرد. فعالیت ما در آن دوران نسبتاً زیاد شده بود. از پخش اعلامیه در محکوم ساختن مراسم جشن هنر شیراز و جشن‌های ۲۵۰۰ ساله، تا انفجار مراکز فساد و مشروب‌فروشی‌ها و تلاش برای برهم زدن مراسمی مانند انتخاب دختر شایسته. ساواک در پیگیری تمام این ماجراها به بن‌بست رسیده بود و اگر هم احیاناً کسی را دستگیر می‌کرد، قادر به کشف موقعیت سایر اعضای گروه نبود و همان شخص دستگیر شده تمام فعالیت‌ها را به گردن خود می‌گرفت…ما طی سال‌های ۵۱ـ ۱۳۵۰ به دستور حضرت امام که تاکید بر تداوم جلسات داشتند به توسعه فعالیت خویش پرداختیم. جلسه‌ها از مسجد شمشیرگرها، به مسجد آقا کریم(مسجد رضا) و منزل اعضای گروه هم گسترش یافت. در نشست‌هایی که به جلسات «صبح جمعه» مشهور شده بود، کارها و برنامه‌های اصلی مرور می‌شد و آخرین بیانات حضرت امام قرائت می‌گردید. در این جلسات همچنین جوانانی که توانایی مبارزه در گروه‌های چریکی را داشتند، شناسایی می‌شدند. در آن جلسات شخصی به نام زارع هم شرکت می‌کرد. مدتی بعد، زارع توسط عوامل ساواک بازداشت شد و موجب گردید که مسائل داخلی ما لو برود. به علاوه رژیم دریافته بود که در این جلسه، افرادی با سوابق سیاسی و عناصری حساس و اصلی از تشکل‌های مخفی حضور دارند. ساواک پس از آن تصمیم گرفت که با شناسایی و دستگیری اعضای جلسه، به عناصر اصلی آن دست یابد.
عباس معماریان،، در آذز ماه 1393 در شماره 22 اندیشه پویا از نشست‌های قرآنی مهندس طاهری در روزهای جمعه و عضوگیری غیررسمی برای این سازمان حکایت می‌کند که در این نشست‌ها گاه برخی از رده‌های بالای سازمان مجاهدین خلق همچون سعید شاهسونی و رسول مشکین‌فام نیز شرکت می‌کردند. عباس معماریان از نخستین کسانی است که برای آموزش نظامی به عراق می‌رود تا از آن جا برای دوره آموزشی به لبنان و فلسطین فرستاده شود اما در عراق، آموزش خود را می‌گذارند و با اسلحه و مهمات نزد مهندس طاهری برمی‌گردد. گروه دیگری پس از او نیز راهی این سفر می‌شوند که مرزبانی ایران، آنها را دستگیر می‌کند. این دستگیری زمینه‌ساز شناسایی و دستگیری مهندس طاهری در نهم تیرماه 1351 می‌شود.
معماریان می‌گوید: مهندس طاهری به من گفت، در زندان نذر کردم که اگر لو نروی، در هفته یک روز، روزه بگیرم. ماجرای سفر من به عراق تا پیروزی انقلاب مکتوم ماند و مهندس طاهری تا روز آخر عمرش به نذرش وفا کرد. (گفتنی است مرحوم مهندس طاهری همه ماه رجب، شعبان و رمضان را روزه بود. همچنین روز سکته پایانی نیز، روزه بودند.)
وی همواره بر اصالت اسلامی مبارزه تأکید داشت و به همین دلیل حتی در زندان نیز به اقامه‌ی جماعت، برگزاری کلاس‌های اعتقادی و مبارزه با گروه‌های انحرافی از قبیل مارکسیست‌ها و سازمان مجاهدین خلق می‌پرداخت.
با آزادی او، اوج‌گیری و همه‌گیری انقلاب نیز فرایند خود را آغاز کرد. در این برهه نیز مهندس طاهری برای جلوگیری از انحراف، شورای تظاهرات فارس را راه‌اندازی کرد. این شورا کارکردی شبیه به شورای انقلاب را داشت. با راه‌اندازی این شورا، ساماندهی، هماهنگی و سازماندهی انقلاب سرعت بیشتری گرفت و مهندس طاهری بیش از پیش برای مردم شناخته شد. با راه‌اندازی شورای انقلاب کشور، مهندس طاهری، نماینده این شورا در فارس شد و شورای تظاهرات در شورای انقلاب ادغام گردید.
با ورود امام خمینی به ایران در 12 بهمن ماه 1357، فجر انقلاب دمیدن گرفت. هرچند مهندس طاهری خود نتوانست برای ورود امام به تهران برود، اما نمایندگانی را به تهران فرستاد تا از این پس با هماهنگی و همراهی شورای انقلاب و امام خمینی، انقلاب را فارس سامان دهد.
وی در این باره می‌گوید: با نزدیک شدن به پیروزی انقلاب و ورود امام خمینی، همه‌گیری و تندی بیشتری از مردم دیده می‌شد. برخی گروه‌ها و سازمان‌ها همچون فداییان خلق، مجاهدین خلق و ... برای مصادره انقلاب، با همه هماهنگی‌هایی که ما حتی با برخی از رهبران این گروه‌ها داشتیم، ناهماهنگی درست می‌کردند و ساماندهی و هدایت را برای ما دشوار می‌کردند. ما تلاش داشتیم تا با کمترین درگیری مسلحانه و کشته و مجروح، کار را پیش ببریم، هرچند این گروه‌ها و سازمان‌ها به دنبال درگیری و خونریزی بودند. شب 22 بهمن، ساواک، شهربانی، ژاندارمری و ارتش خود را تسلیم کردند. از آن جا که دستور از شورای انقلاب و امام به ما رسیده بود که مواظب باشید تا اسلحه به دست مردم نیفتد و اسناد نابود نشود، از آنها خواستیم تا خود، به محافظت از اسناد و اسلحه‌ها نگهبانی و نگهداری کنند. شب قرار شد تا سید علی‌محمد دستغیب فردا صبح در حرم شاهچراغ (ع) متن شورای انقلاب را بخواند و پیروزی انقلاب را به مردم برساند. سید علی‌محمد دستغیب به دلیلی که بر ما روشن نشد، از این کار سر باز زد و در تصمیمی آنی، شورای انقلاب این کار را بر دوش من گذاشت. همراه با برخی از دوستان همچون سید علی‌اصغر دستغیب به شاهچراغ رفتم. هنوز سخنرانی خود را آغاز نکرده بودم که به ما گفتند مردم با شهربانی درگیر شده‌اند. از این رو با اعلام پیروزی انقلاب از همگان خواستم تا از درگیری جلوگیری کنند و نگذارند برخی‌ها اسناد یا اماکن دولتی و نظامی را غارت یا تخریب کنند و خودم را برای پایان دادن درگیری به شهربانی رساندم تا از درگیری و خونریزی بیشتر جلوگیری کنم.
با پیروزی انقلاب، این شورا مسئولیت امنیت را نیز بر دوش گرفت.
یک ماه پس از پیروزی انقلاب اسلامی، شورای انقلاب و دولت موقت، مسئولیت راه‌اندازی و فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و کمیته‌های انقلاب در فارس را به مهندس طاهری سپردند. مهندس طاهری نیز در اسفند 57 سپاه را در فارس پایه‌گذاری کرد.
وی همچنین به عضویت شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی درآمد.
با پیروزی انقلاب اسلامی، گروه‌ها و سازمان‌هایی که می‌خواستند انقلاب را مصادره کنند، به درگیری نظامی رو آوردند. از همه آنها شدیدتر، درگیری قشقایی‌ها زیر نام خسرو خان و ناصر خان قشقایی، با جمهوری اسلامی بود که بسیار به درازا کشید. در این زمینه امام خمینی نمایندگی خود را به مرحوم مهندس رجبعلی طاهری و شهید آیت‌الله ربانی شیرازی داد. این دو خواستار امان‌نامه‌ای برای بیرون کشیدن دو ایلخان قشقایی و سپس برخورد با عبدالله خان، سرکرده شورشیان شدند. مهندس طاهری می‌گوید: امام امان‌نامه را داد. در شیراز و فارس، برخی از تندروهای انقلابی، ما را هوادار خان خواندند و روبروی ما ایستادند. چندین بار از راه‌ها و کسان گوناگونی به ویژه از قشقایی‌ها، تلاش کردیم تا نامه را به ایلخان‌های قشقایی برسانیم؛ اما از هر دو سو دچار سختی بودیم. ما می‌دانستیم که دو ایلخان، پس از سال‌ها تبعید و دوری از دیار خود، نمی‌دانند چه شده است و در تنگنا هستند. عبدالله خان نیز با سوءاستفاده از این دو ایلخان مبارز، می‌خواهد خود را جا بیندازد تا بتواند دیدگاه‌های مارکسیستی خود را به مردم بخوراند. از راه‌های گوناگون برای رساندن امان‌نامه امام خمینی و بیرون کشیدن این دو خان قشقایی اقدام کردیم. اما متأسفانه تندروی‌های برخی از به اصطلاح انقلابیون از این سو و بسته شدن راه‌ها از سوی اردوی عبدالله خان که گرایش‌های مارکسیستی داشت و با بهره‌گیری از نام آن دو دست به شورش زده بود، راه را برای ما بسیار دشوار کرد. هرچند توانستیم نامه را با دادن چند شهید به دست ناصرخان و خسروخان برسانیم.
ناصرخان با بیرون آمدن از اردوی فتنه‌گران، بار دیگر از ایران بیرون رفت و از راه ترکیه راهی آمریکا شد تا سال‌های پایانی زندگی را در آن جا سپری کند.
خسرو خان نیز پس از درگیری‌های زیاد دستگیر شد.
هاشمی رفسنجانی در نوشتار 23 خرداد 1361 خود می‌نویسد: بحث درباره انجمن حجتیه و دستگیری خسرو قشقایی داشتیم که آقای مهندس طاهری مدعی است که به او تأمین داده شده بود که آمد، اما سپاه و استانداری قبول ندارند و می‌گویند که او برای فرار به خارج از کشور به شیراز آمده بود.
هاشمی رفسنجانی در نوشتار 2 تیر 1361 خود می‌نویسد: دادستانی جزوه‌ای از وضع خسرو قشقایی را فرستاد تا ثابت کند که او با تأمین برنگشته و به‌منظور فرار به شیراز آمده است. مهندس طاهری مدعی است که او با تأمین‌ایشان آمده است. ممکن است که خسرو[قشقائی] درصدد فرار بوده ولی تأمین آقای طاهری را وسیله‌ای برای نجات از دستگیری احتمالی کرده باشد.
مهندس رجبعلی طاهری، به اصرار مردم کازرون، برای نخستین دوره انتخابات مجلس شورای ملی پس از انقلاب نامزد شد و به نمایندگی مردم کازرون به مجلس راه یافت. در همین دوره مجلس تصویب شد که نام مجلس از مجلس شورای ملی به مجلس شورای اسلامی تغییر کند.
طاهری در نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، برای پی‌ریزی ریشه‌ای قوانین در راستای پایه‌ریزی نظامی تندرست و شاداب و به دور از فساد تلاش‌های بسیاری از خود نشان داد. یکی از مسایلی که وی آن را دنبال می‌کرد، اصلاح نظام و ساختار اقتصادی بود که به باور او اصلاح ساختار اقتصادی، بدون اصلاح ساختار پولی بر پایه گفتمان عدالت‌‌محور، محقق نخواهد شد. همچنین عدالت و آزادی بدون داشتن گفتمان، آینده‌پژوهی و دیدگاه بلندمدت و دیدگاه فرهنگی، اجتماعی و سیاسی بر پایه اعتقادات اسلامی بوجود نخواهد آمد؛ و ریشه همه آنها در اقتصاد و ریشه اقتصاد در ساختار پولی کشور است.
وی در سه کمیسیون «طرح‌های انقلابی»، «مسکن و شهرسازی و راه و ترابری» و «صنایع، معادن و نفت» عضو بود.
طاهری در مجلس، نخستین کسی بود که طرح عدم کفایت سیاسی سید ابوالحسن بنی‌صدر، نخستین رئیس‌جمهوری اسلامی ایران را ارائه کرد و از مخالفان شدید و جدی سیاست‌های اقتصاد سوسیالیستی مهندس میر حسین موسوی بود.
طاهری در هفتم تیرماه 60، اندکی پیش از انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی، به دلیل کارهای مربوط به حوزه انتخابیه خود، از سالن اجلاس شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی بیرون آمد.
نماینده مردم کازرون در نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، پس از انفجار دفتر نخست‌وزیری و شهادت رجایی و باهنر، رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر، در روز تشییع جنازه، متوجه توطئه و فتنه‌انگیزی برخی برای فراری دادن کشمیری شد.
منافقین که کینه کهنه‌ای از او به دل داشتند، بارها او را ترور کردند که هر بار، نتوانستند به آرزوی خود برسند.
هاشمی رفسنجانی از انتقادات تند و بی‌پرده طاهری درباره دادگاه‌های انقلاب در نوشتار 13 مرداد 1362 خود چنین یاد می‌کند: آقای مهندس طاهری مطالبی راجع به دادگاه انقلاب شیراز داشت و از تندروی آنها انتقاد می‌کرد.
هاشمی همچنین درباره دفاع از مردم به عنوان ویژگی مهندس طاهری در نوشتار 22 شهریور 1367 چنین می‌نویسد: شب مجمع تشخيص مصلحت جلسه داشت. بازاري‌ها و وزارت اطلاعات از عملكرد تعزيرات حكومتي انتقاد كردند و آقايان [حميد] ميرزاده و مهندس طاهري جواب دادند و قرار شد سازمان بازرسي كل كشور، موارد اختلاف را بررسي كند.
طاهری مسئولیت واحد قوه‌ی مقننه و عضویت دفتر سیاسی حزب جمهوری اسلامی، مشاور ستاد کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، عضو شورای مرکزی کمیته امداد امام خمینی، عضویت در هیأت امنای بنیاد رسالت، مشاور وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح در امور مجلس، مشاور سازمان صنایع دفاع در امور مهندسی، بازرس فنی وزارت راه و ترابری، مجری طرح قدس، دبیری جامعه‌ی اسلامی مهندسین، مسئول دفتر آیت‌الله حائیری، امام جمعه پیشین شیراز از دیگر مسئولیت‌هایی است که پس از انقلاب بر دوش داشت.
او که در سال 1372، به کارزار سیاسی ششمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری پای گذاشت، «مبارزه با رباخواری» را در در همه سخنان خود مطرح می‌کرد و آن را شاه‌بیت تمام مشکلات کشور می‌دانست. رجبعلی طاهری خود را تنها رقیب اکبر هاشمی رفسنجانی در انتخابات ششمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری می‌دانست که صدا و سیمای برادر رفسنجانی، نزدیک به ده دقیقه از فیلم انتخاباتی او را پخش نکرد تا او پس از احمد توکلی، گزینه سوم مردم در آن انتخابات باشد.
خود در این باره می‌گوید: من درباره اقتصاد و تورم و این‌جور چیزها صحبت کردم. آن موقع که آقای هاشمی دوره ۴ ساله خود را سپری کردند، من هم وظیفه خود می‌دانستم که اسم بنویسم و برنامه حذف ربا و احیای قرض‌الحسنه را پیشنهاد دهم. من صحبت‌هایم را کردم؛ اما متاسفانه آن موقع برادر ایشان رئیس تلویزیون بودند و ۱۰ دقیقه از صحبت‌های من را بدون خبر و اطلاع، سانسور کردند و تبدیل به ۲۰ دقیقه شد. در نتیجه خیلی از آرای من از بین رفت. [در آن ده دقیقه] من ایراد گرفته بودم که این برنامه‌ای که آقای هاشمی رفسنجانی با عنوان توسعه موازی و توسعه متمرکز دارند، به ضرر مملکت است و نتیجه مسائل اقتصادی بود که امام مجبور شد که قطعنامه را قبول کند و اگر برنامه ما توسعه موازی بود این مشکلات ایجاد نمی‌شد. این مباحث را در نشریه خود به نام «انتظار» از سال ۷۲ که کاندیدای ریاست‌جمهوری بودم منتشر می‌کنم... همچنین در مناظره با عبدالله جاسبی دیگر نامزد آن دوره انتخابات گفتم هیچ‌گونه ابایی برای مذاکره با آمریکا ندارم، مذاکره یک حربه است و ما نباید خودمان را خلع سلاح کنیم، برای گرفتن حقوق ملت ایران همان‌طور که دکتر مصدق به دادگاه لاهه رفتند برای دفاع از حقوق ملت ایران، از این مذاکره استفاده می‌کنم. در نهایت این مذاکره عاقبتش تبدیل می‌شود به مقاتله یا مصالحه. به هر حال این مذاکره باب شد و برای بسیاری جالب بود و حتی من در خارج از کشور نفر اول شدم.
طاهری، برای بیان گفتمان خود، در سال 1373 نشریه «انتظار» را راه‌اندازی کرد که حدود 47 شماره از این نشریه تا پایان حیات وی منتشر شد.
در این برهه نیز او به انتقاد از دولت و به ویژه دیدگاه‌های امنیتی و اقتصادی آن پرداخت. این مواضع تند او زمینه را برای بیرون رفتن برخی عناصر اطلاعاتی فاسد از فارس شد. این‌ها همان آمران و مجریان قتل‌های زنجیره‌ای بودند که چند سال بعد دستگیر و به دادگاه رفتند.
وی همچنین درباره نیمه نخست دهه هشتاد چنین می‌گوید: در دوره خاتمی صحبت‌هایی که با ایشان داشتم امید داشتم ایشان کاری انجام دهند. به همین دلیل در دوره خاتمی اسم ننوشتم چراکه ایشان برنامه‌ای به نام ساماندهی امور اقتصادی داشتند که متاسفانه عملا کاری نشد. در عین حال امید داشتیم که ایشان بتوانند کاری بکنند. دوره ایشان گذشت.
مهندس طاهری بار دیگر سال 1384، در انتخابات ریاست جمهوری نهم پای در کارزار انتخاباتی گذاشت که این بار از سوی شورای نگهبان، صلاحیت او احراز نشد. وی در این بار می‌گوید: با این نیت اصلی ثبت‌نام کردم که بزرگترین مشکل این کشور، رباخواری است و نتیجه این است که تولید و اشتغال کم می‌شود. متاسفانه من را حذف کردند... در هر صورت خلاصه حرف من این است که مملکت ما اقتصادش پایه‌اش بر رباخواری است و من مرتب در مجله‌ام از شماره یک تا آخرین شماره که ۳۸ است در طول این ۱۶ سال اعلام کردم. مسئولان بلندپایه کشور هم حرف‌های من را تایید کردند.
مهندس طاهری در هر دو مرحله انتخابات سال 1384، به محمود احمدی‌نژاد رأی داد؛ چرا که گمان بر مبارزه احمدی‌نژاد با ربا از یک سو و اصلاح ساختار پولی و اقتصادی داشت. طاهری بارها با احمدی‌نژاد در این باره سخن گفت و پیشنهادها، راهکارها و دیدگاه‌های خود را کتبی و شفاهی به او رساند. احمدی‌نژاد، از دیدگاه‌های او هیچ بهره‌ای نبرد و این شد تا مهندس طاهری چندین بار با حضور امام خامنه‌ای دیدگاه‌های خود را بیان کند. امام خامنه‌ای با تأیید دیدگاه‌های مهندس طاهری، آن را دیدگاه درست، انقلابی و همان دیدگاه خود در زمینه اقتصادی دانست و از احمدی‌نژاد خواست تا به آن بپردازد.
انحراف احمدی‌نژاد از اصول گفتمانی انقلاب به ویژه در زمینه اقتصادی، زمینه مخالفت‌های آشکار مرحوم مهندس طاهری با احمدی‌نژاد شد. این اختلاف‌ها تا سال 1388 ادامه پیدا کرد و مهندس طاهری، در سخنرانی‌های خود آشکارا بر احمدی‌نژاد خرده می‌گرفت. این تندی‌ها، این شبهه را برخی ایجاد کرد که انتخاب طاهری، میرحسین موسوی است. برخی خبرنگاران و رسانه‌ها نیز آشکارا مخالفت‌های مهندس طاهری با احمدی‌نژاد را موافقت با میر حسین موسوی تیتر کردند. مهندس طاهری نیز در بیانیه‌ای که 20 خرداد ماه نوشت، موضع خود را آشکار و بی‌پرده با حمایت از دکتر محسن رضایی بیان داشت. هرچند هیچ‌کدام از آن رسانه‌ها بیانیه مهندس طاهری را در رسانه‌ی خود منتشر نکردند.
او پس از انتخابات 88، هر دو سوی ماجرا، یعنی میرحسین موسوی و کروبی در یک سو، و محمود احمدی‌نژاد در سوی دیگر، مقصر می‌دانست؛ هرچند برای پایان دادن به این فتنه رنگارنگ، همه تلاش خود را انجام داد.
طاهری در روز 24 مهر ماه 1392 (مصادف با عید سعید قربان) پس از چهار روز کما در سن 77 سالگی دیده از جهان فروبست.
بسیاری از شخصیت‌های سیاسی، مذهبی، فرهنگی و اجتماعی کشوری، استانی و شهرستانی، چه آنان که امروز پستی دارند و چه آنان که پستی ندارند، درگذشت او را با تعریف‌های خود تسلیت گفتند.
امام خامنه‌ای در پیام تسلیت خود او را یار دیرین امام و انقلاب دانست.
مرحوم مهندس رجبعلی طاهری، زاده 29 شهریور 1315 در یکی از خانواده‌های مسلمان کنشگر سیاسی، اجتماعی، فرهنگی و عقیدتی کازرون است.
هنوز پای به مدرسه نگذاشته بود که زبانه‌های جنگ جهانی دوم به ایران به سوی ایران کشیده شد و هرچند شاه و فرماندهی ارتش دستور همگامی با اشغالگران را دادند، برخی از ارتشی‌ها، دلیرانه در برابر آنها ایستادند. این ایستادگی در برابر سیل بنیان برافکن استعمارگران، فروریخت و ایران به اشغال شغال‌های انگلیسی در جنوب و مرکز، شوروی در شمال و مرکز و ایالات متحده آمریکا در مرکز، درآمد.
سنگرهای بسیج مردمی نیز که در جنگ جهانی نخست ایستادگی استواری از خود داشتند، با پی‌ریزی شاهنشاهی پهلوی، یکی پس از دیگری در سراسر ایران شکسته شده بودند و رهبران و فرماندهان آنها یا چون میرزا کوچک خان جنگلی، شیخ محمد خیابانی، محمدتقی خان پسیان و ... به شهادت رسیدند یا چون ناصر دیوان کازرونی، صولت‌الدوله قشقایی، زائر خضرخان و ... در بند و خانه‌نشین شدند یا به همکاری و همگامی با پهلوی‌ها و استعمارگران انگلیسی و شوروی پرداختند.
اشغالگران، روز به روز فشار خود را بر مردم بیشتر کردند. این افزایش فشار همراه با تفرقه‌افکنی، زمینه را برای هر گونه خیزش روبروی آنان از بین می‌برد.
اشغالگران که دیگر بر همه جان، مال و ناموس مردم سوار شده بودند، از هیچ چپاول، دزدی و هیزی نمی‌گذشتند؛ دیگری خوراکی برای مردم نگذاشته بودند.
رجبعلی طاهری، کودکی بود که هر روز این چپاولگری‌ها را که با پشتیبانی نیروهای حکومتی همراه بود، به چشم می‌دید.
رجبعلی که به مدرسه وارد شد، وضعیت اقتصادی مردم روز به روز بدتر می‌شد. این شد که قشقایی‌های فارس به فرماندهی ناصرخان و خسروخان قشقایی از تیر 1322 بر چپاول‌گران دولتی و بیگانه برخاستند و گستره پویایی خیزش خود را به برخی شهرستان‌های فارس رساندند.
رجبعلی طاهری درباره ورود قشقایی‌ها به کازرون چنین می‌گوید: آن هنگام دانش‌آموز دبستانی بودم. پدرم برای بازرگانی راهی شیراز شده بود. یک روز، هنگام برگشتن از مدرسه به خانه، مردم را نگران و هراسان دیدم. کنجکاوی‌ام مرا بر آن داشت تا بفهمم چه شده است. به خانه که آمدم، خانه را بیش از بیرون در تشویش و اضطراب دیدم. شاید به این دلیل که پدر نیز در مسافرت بود. هنگام ناهار فهمیدم که ترکان قشقایی پس از فیروزآباد، در راه گرفتن کازرون هستند. ترس از غارت و چپاول ترکان، همه شهر را در وحشتی عمیق و سکوتی دهشتناک فرو برد. هر چه بیشتر می‌گذشت، مردم بیشتر در پی آن بودند تا مال و اموال‌شان را و هر آن چه دار و ندارشان است پنهان کنند، تا شاید از چپاول ایمن بماند. این شورش ترکان برای برون رفتن از قحطی و فشار گرسنگی بود. این فشارها نه تنها ترکان که همه مردم را در دشوار سختی فرو برده بود. گرسنگی تنها مشکل مردم در آن روزگار نبود که باید همه‌گیری بیماری‌ها را نیز به آن افزود. ترکان قشقایی که بیش از دیگران در فشار بودند، اکنون با یکپارچکی به فرماندهی ناصرخان و خسروخان بپاخواسته بودند. چند روزی، هنگام بیرون آمدن از مدرسه، ماشین زرهی ژاندرمری را می‌دیدم که فردی با لباس نظامی بر روی آن ایستاده و با بوقی در دست از نزدیک شدن ترکان خبر می‌داد. اینگونه می‌خواستند با ترساندن مردم، آنان را به کمک فراخوانند؛ اما مردم از کوچه و خیابان فرار می‌کردند. مردم خوش داشتند همان شورشی‌ها شهر را بگیرند تا اندکی از ستم‌های خان و بیگانه رهایی یابند. سرانجام در شبی تاریک که زوزه سگ‌ها و گرگ‌ها در سکوت شب، همچون شب‌های دیگر وحشتی طبیعی در خود داشت، با بلند شدن صدای توپ و تفنگ، شهر به لرزه درآمد. ترک‌ها کازرون را محاصره کرده بودند. این صداها تا بامداد قطع نشد. بامداد که برای رفتن به مدرسه، از خانه بیرون آمدیم، هنوز بوی باروت می‌آمد. به مسجد امام‌زاده (این مسجد که به امام‌زاده بی‌گنبد هم شناخته می‌شود در کوی مصلی کازرون جا دارد) که رسیدم پیکرهای بی‌جان و خونین سربازان را در کنار گنبد استوانه‌ای امام‌زاده تماشا کردم؛ پیکرهایی که تا چند روز در همان جا افتاده بود. درگیری‌ها دو سه شب ادامه داشت؛ تا آن که شهر به دست ترکان افتاد. ترکان بر تل‌های گرداگرد کازرون، چادرهای خویش برپا کردند و چند روزی ماندنی شدند. مردم کازرون نیز همگام با عشایر، به اداره‌ها می‌رفتند و اداره‌ها یکی پس از دیگری بدست مردم می‌افتاد. از همه مهم‌تر، انبارها و سیلوهای پر از غله، اداره غله بود؛ زیرا مردم نان شب را هم نداشتند. آن چه در این هنگام کنجکاویم را برمی‌انگیخت، هواپیماهای انگلیسی بود، که شهر را پی در پی بمباران می‌کردند. قشقایی‌ها پس از چند روز، کازرون را به سوی شیراز ترک کردند. (گفتنی است که در اسناد مکتوب شهربانی وقت، از این رخداد، هواپیماها ایرانی و انگلیسی نوشته شده است.)
با پایان یافتن نهضت قشقایی‌ها، او به همراه خانواده به شیراز رفت و دو سالی را در شیراز ماند. با برگشتن خانواده به کازرون او و برادرش محمدحسن برای ادامه تحصیل در شیراز ماندند.
ماندگاری آنان در شیراز، با آغاز نهضت ملی همراه شد. او و برادرش نیز نخستین گام‌های مبارزه سیاسی، اجتماعی و فرهنگی خود را در این برهه برداشتند و با نهضت ملی همگام شدند.
مبارزه‌های سیاسی آن روزگار، از هر سو، به جبهه ملی و نهضت ملی شدن صنعت نفت می‌رسید. در استان فارس تا آن هنگام، هیچ نهاد مبارزی وجود نداشت. با آمدن حسین راضی به شیراز، نخستین پایگاه مبارزه سیاسی نیز راه‌اندازی شد. حسین راضی از رهبران جریان اسلام‌گرای نهضت خداپرستان سوسیالیست بود. این نهضت برای همسویی بیشتر تا رسیدن به پیروزی، در سال 1329، با حزب ایران یکی شد. حزب ایران، حزبی با رهبری اللهیار صالح و گرایش‌های سکولار، ملی‌گرا و سوسیال دمکرات، بود که پایبندی اسلامی نداشت. با این همه، حسین راضی، که اکنون از اعضای شورای مرکزی حزب ایران به شمار می‌رفت، برای راه‌اندازی حزب ایران شاخه استان فارس، راهی شیراز شد. این حزب افزون بر مبارزه سیاسی با استعمار، با توده‌ای‌ها و سلطنت‌طلبان به ویژه حزب برادران (این حزب را آیت‌الله سید نورالدین حسینی‌الهاشمی از علمای بزرگ و متنفذ شیراز رهبری می‌کرد)، نیز درگیری پیدا کرد.
با راه‌اندازی حزب ایران در شیراز، رجبعلی نوجوان نیز به این حزب پیوست و از دانش‌آموزان پویای سیاسی جبهه ملی شد؛ هرچند یک سال بعد برای آن که در کنار خانواده باشد، به کازرون برگشت.
برگشت او به کازرون نه تنها او را از مبارزه دور نکرد، که همه خانواده را نیز درگیر مبارزه سیاسی کرد. او و پدرش در کنار دیگر مبارزان و روشنفکران کازرون، حزب ایران را در کازرون پایه‌ریزی کردند. وی در این باره چنین می‌گوید: شهر بسیار پر هیاهو بود. راه‌ندازی حزب در کازرون برای بسیاری از مردم، به شدت هیجان‌آور بود. دکتر (کریم) سنجابی، برای گشایش دفتر حزب به کازرون آمد. از همین هنگام نیز تبلیغات حزب در کازرون آغاز شد که می‌توان این رخداد را آغاز نهضت ملی در کازرون دانست.
این مبارزه‌ها در سال 1329 افزایش بیشتری یافت تا در اسفند آن سال، خروش مردمی با گلوله خلیل طهماسبی به اوج خود رسید. مهندس طاهری در این زمینه نیز می‌گوید: پس از چندین سال، هنگامی که با عزت‌الله سحابی هم‌بند شدم، سحابی برایم از روزهای نهضت می‌گفت: در آن روزها نواب صفوی به دیدن مصدق آمد. به مصدق و دیگر نمایندگان جبهه ملی گفت: چرا معطلید؟ چرا کاری نمی‌کنید؟ مشکل شما چیست؟ مصدق به نواب صفوی گفت: مشکل ما رزم‌آراست. نواب صفوی نعلبکی استکان چایش را از زیر استکان برداشت و بر روی استکان گذاشت و قاطعانه گفت: حل است. چند روز بعد رز‌م‌آرا ترور شد.... ملک و ملت ایران، عید آن سال را بسیار شیرین‌تر از هر سال جشن گرفتند. عیدی که با مجاهدت فداییان اسلام، به کام ملت شیرین شده بود.
رجبعلی سال 1330 و 1331 را چنین روایت می‌کند: با آغاز سال 1330 دو جریان شروع به سنگ‌اندازی، تمسخر و استهزا دولت مصدق گرفتند. توده‌ای‌ها و سلطنت‌طلب‌ها. این امر در شهر ما هم وجود داشت. حزب توده که هنوز عمر زیادی در کازرون نداشت به اهانت، تمسخر، استهزا و تبلیغ علیه مصدق می‌پرداخت و حزب ایران به شدت با آنها روبرو می‌شد، و از دولت مصدق پشتیبانی می‌کرد.
در تیرماه 1331 و با کنار گذاشته شدن مصدق از نخست‌وزیری، ایران یک بار دیگر فریاد خروش خود را در خیزش 30 تیر به گوش همگان رساند. مهندس طاهری در این باره می‌گوید: ما در حزب ایران شهرستان کازرون برنامه‌ریزی‌هایی انجام دادیم؛ از این رو همگام با همه کشور در روز 30 تیر تظاهرات با شکوهی برپا شد. روز 30 تیر بود. میدان خیرات (میدان شهدای کنونی) پر از مردمی شده بود که به پشتیبانی از مصدق فریاد می‌کشیدند... نزدیکی‌های غروب، تلگراف حکم نخست‌وزیری مصدق به کازرون رسید. خوانده شدن این تلگراف در میدان خیرات، گرد‌هم‌آیی مردم را با لبخند خرسندی و شادابی به پایان آورد. بی‌گمان این بزرگترین شیرینی بود که به آنها داده شد. هنگامی که خواندن تلگراف پایان یافت، فریاد سرور مردم، از هر گوشه شهر برخواست. برگشتن مصدق به نخست‌وزیری، را باید نقطه عطفی در تاریخ مردم‌سالاری ایران دانست. نقطه‌ای که با ایستادگی مردم در برابر استبداد و استعمار بوجود آمد و هیچ‌گاه از تاریخ این مرز و بوم پاک نخواهد شد.
وی چگونگی مبارزه در این چهارده ماه را اینگونه بیان می‌کند: در استان فارس و به تبع آن کازرون، دو جریان از همان سال 29 و به ویژه در این چهارده ماه علیه مصدق کار می‌کردند. یکی حزب توده و دیگری حزب برادران بود. این دو بیشترین حملات، توهین‌ها و لودگی‌ها را علیه مصدق، دولت ملی، هواداران و مبارزان حتی آیت‌الله کاشانی و فداییان اسلام انجام می‌دادند. از سویی ما و دوستان‌مان نیز در پشتیبانی از مصدق و جریان مبارزات ملی ایران هر چه از دست‌مان برمی‌آمد انجام می‌دادیم... رادیو هم در دست دولت بود و شاید این تنها رسانه‌ای بود که مصدق می‌توانست بی‌هیچ ترس، هراس و سانسوری در آن به تبیین مواضع خود برای مردم ایران بپردازد. غیر از رادیو و چند نشریه که آنها نیز صددرصد در اختیار نهضت نبودند، که گاه آنها هم علیه او کار می‌کردند؛ باید گفت دیگر رسانه‌ها، از داخلی، که آن روز بیشتر نشریات بودند و رسانه‌ها بیگانه از رادیو بی.بی.سی غرب گرفته تا رادیو شوروی بلوک شرق، یعنی از شرق تا غرب جهان، همه علیه مصدق و نهضت ملی مردم ایران بودند. این‌ها نه تنها علیه مصدق فعالیت می‌کردند که تلاش در ایجاد چندپارگی و شکاف بین رهبران نهضت و صفوف پایدار مردم داشتند و در این راه هر کاری را بر خود حلال می‌دانستند.
در بهمن ماه 1331 و اوج‌گیری درگیری‌های درون‌حزبی، هواداران مسلمان حزب ایران، حزب آزادی مردم ایران را پایه‌ریزی کردند. به گونه‌ای که مهندس عزت‌الله سحابی در کتاب نیم قرن خاطره و تجربه در این باره می‌نویسد: همین زمان اعضای نهضت (نهضت خداپرستان سوسیالیست که زیر پرچم حزب آزادی مردم ایران فعالیت می‌کردند) در شهرستان‌ها و برخی از اعضای حزب ایران در شیراز و مشهد، از اعضای جمعیت آزادی مردم ایران و وابستگان به جبهه ملی ایران فعالیتهای خود را گسترش می‌دادند و بدین ترتیب حزب گسترش یافت. در همین حال جمعیت آزادی مردم ایران فعالیتهای خود را جدا از استان‌ها و مراکز به سمت شهرستان‌های کوچک سوق داد که در حقیقت مأموریت خود را در مبارزه با حزب توده و سلطنت‌طلبان در یک سو و آگاهی‌رسانی و مبارزه با فقر و بی‌سوادی در سوی دیگر می‌دید.
مهندس طاهری در این باره چنین می‌گوید: در شیراز نیز با جدا شدن (علی) شریعتمداری و (محمود) پیمان که از پایه‌گذاران حزب ایران بودند و راه‌اندازی حزب مردم ایران در شیراز، بیشتر کسانی که رویکردی اسلام‌گرا داشتند، به حزب مردم پیوستند. از آن دسته می‌توان به برادرم دکتر محمدحسن طاهری اشاره داشت که آن هنگام روزهای پایان دانش‌آموزی را سپری می‌کرد. با تلاش برادرم، در کازرون نیز این جدایی رخ داد و منوچهر مظفریان، حبیب معنویان، من و دکتر هاشمی، حزب مردم ایران را پایه‌گذاری کردیم؛ هر چند پدرم در حزب ایران ماند. این جدایی در سراسر کشور، تنها در بُعد مسایل اصولی و ایدئولوژیک بود و از نظر سیاسی نه تنها روبروی هم نایستادند، که در کنار هم برای ملی شدن کشور مبارزه کردند و یکپارچگی، همدلی، برادری و دوستی همچون گذشته ماند.
طاهری روزهای نیمه دوم سال 1331 تا 28 مرداد را اینچنین برای‌مان می‌شناساند: در پی حملات و سنگ‌اندازی‌های مخالفین و دشمنان، مصدق در هر بار به تندی برای رهایی آن مسئله و بحران، دست به دامان مردم می‌شد و از مردم می‌خواست تا وارد عمل شوند. مردم سراسر کشور هم که دولت و دولتمردان را از خود می‌دانستند و گمان داشتند که ماندگاری این دولت، مانایی شرافت، عزت، غیرت، همیت و ملیت خود آن‌هاست، سریعاً وارد عرصه شده و خیابان‌ها مملو از جمعیتی می‌شد که در پشتیبانی از مصدق شعار می‌دادند؛ دقیقاً همچون حضور مردم در راهپیمایی‌های 22 بهمن یا روز قدس، در روزگار پس از پیروزی انقلاب اسلامی. یکی دو تن همیشه از سوی حزب ایران یا مردم ایران درباره کارکرد و تشریح صحبت‌ها و عملکرد و چرایی آن سخنرانی می‌کردند. برخی هم به پست و تلگراف می‌رفتند و خیزش خودجوش مردم در پشتیبانی از مصدق را به تهران مخابره می‌فرستادند.
با فروافتادن دولت مصدق در 28 مرداد 32، مبارزان و سیاسیون تحت تعقیب گرفتند و فراری شدند. در این روزها که همه کنش‌گران سیاسی یا در زندان بودند یا زندگی پنهانی داشتند، رجبعلی نوجوان با دوستان خود در مدرسه، با هدایت منوچهر مظفریان، همچون گذشته پویایی خود را داشت تا در اسفند همان سال، برای نخستین بار دستگیر و چند روزی بازداشت شد.
طاهری در این باره چنین می‌گوید: در ارتباط با پخش این نشریه‌ها و اعلامیه‌ها برای نخستین بار در سال ۱۳۳۲ دستگیر شدم، که چون به سن قانونی نرسیده بودم پس از سه روز آزاد شدم. ما افزون بر شعارنویسی بر روی دیوار‌ها، پخش تراکت و اعلامیه در دبیرستان را نیز برعهده داشتیم. بر روی این اعلامیه‌ها نوشته شده بود: «مرگ بر رژیم زاهدی»، «مرگ بر رژیم شاهنشاهی»، «زنده باد مصدق» و ... ما برای پخش این اعلامیه از کمک یکی دیگر از دوستان نیزاستفاده می‌کردیم. در آن زمان هنوز ساواک به وجود نیامده بود و رکن دوم که بخشی از ارتش به حساب می‌آمد وظیفه ساواک را برعهده داشت. عوامل رکن دو با تطبیق دادن دست‌خط اعلامیه‌ها و اوراق امتحانی دانش‌آموزان دقیقاً دریافته بودند که نوشتن اعلامیه کار من بوده است و البته من هم پس از دستگیری منکر شدم.
پس از آزادی این بار با تنش کمتر و پویایی بیشتر در نشست‌های مطالعاتی منوچهر مظفریان که پنهانی برگزار می‌شد، شرکت می‌کرد.
طاهری با نشریات فداییان اسلام نیز آشنا بود و روزنامه «اصناف» را که ویژه درج اخبار مسایل فداییان اسلام بود را نیز می‌خواند. اعدام نواب صفوی و یارانش در سال 1334 تلخ‌ترین خاطره طاهری از آن سال‌هاست.
با پایان دوران دبیرستان و دریافت دیپلم در رشته ریاضی و شرکت در کنکور همان سال، در رشته کارشناسی ارشد پیوسته راه و شهرسازی دانشگاه پذیرفته شد و برای ادامه تحصیل راهی تهران می‌شود.
گذر دانشجویی او را با شخصیت‌های سیاسی – مذهبی کشور بیشتر آشنا کرد و دوستی با مبارزین و کنش‌گران فرهنگی، عقیدتی، سیاسی و اجتماعی رهاورد آن بود. گذری که او را بیش از پیش به مطالعه، پژوهش، خواندن و بررسی دیدگاه‌های دیگران و گاه گفتگو، مباحثه و مناظره با برخی شخصیت‌ها کشاند.
او در همان سال‌های نخست با محمد نخشب در حزب آزادی مردم ایران که تازه از زندان آزاد شده بود، بارها دیدار و گفتگو کرد. وی در این باره چنین می‌گوید: بسیار دوست داشتم با نخشب دیدار کنم و درباره اسلام سوسیالیسیتی گفتگو کنیم. در همان سال‌های نخست دانشجویی دیدارهایی با هم داشتیم که گاه به درازا می‌کشید. هرچند او نتوانست مرا به ایده اسلام سوسیالیستی برساند، مرا به پژوهش و اندیشیدن بیشتر در زمینه‌های اعتقادی و اجتماعی همچون عدالت و دادخواهی رهنمون کرد.
خفقان دهه سی، نه تنها مهندس طاهری جوان را به خوانش، پژوهش، بررسی و اندیشیدن بیشتری رساند که ساخت آرمان‌ها را برایش ساده‌تر کرد. پایان دهه سی، یعنی آغاز ورود به دوره دیگری از زندگی که ربع قرن از زندگانی را پشت سر می‌گذاشت. اکنون او مهندسی باسواد، کنش‌گری پویا و مسلمانی با دید روشن شده بود. اگر او را تا پیش از کودتای 28 مرداد، تنها یک کنشگر سیاسی ملی‌گرای کازرون می‌شناختند، پژوهش‌ها، خوانش‌ها، گفتگوها و ... از او اندیشمندی عقیدتی و ایدئولوژیک ساخته بود.
وی نقش مهمی در راه‌اندازی و گسترش انجمن‌های اسلامی دانشگاه‌ها (به ویژه دانشگاه شیراز) و هیت‌های حسینی در تهران و شیراز داشت. همکاری مستمر وی با هیأت حسین مظلوم تهران (دیوانگان حسینی) از سال 1339 و هیأت اتحاد حسینی شیراز از سال 1344 از مبارزه‌های فرهنگی و مذهبی او به شمار می‌آید.
سال 1339، دولت وقت از لزوم آزادی و انتخابات در کشور سخن گفت. این روزها همزمان با راه‌اندازی جبهه ملی دوم بود. نهضت آزادی نیز پس از راه‌اندازی، همگام با جبهه ملی در دانشگاه‌ها پویایی ویژه‌ای داشت. مهندس طاهری که از شاگردان مهندس مهدی بازرگان در دانشگاه بود و آشنایی مبارزاتی با او و آیت‌الله سید محمود طالقانی داشت، با انگیزه عقیدتی، به همکاری غیررسمی با نهضت آزادی پرداخت.
مهندس طاهری در سال 1340 توانست کارشناسی ارشد مهندسی راه و ساختمان خود را به پایان برساند و در سال 1341 به استخدام وزارت راه و ترابری درآید.
سال 1340، با درگذشت آیت‌الله بروجردی، ایران و شیعیان جهان را سوگوار کرد. رژیم تلاش داشت مرجعیت را از ایران خارج کند. رجبعلی طاهری می‌گوید: هرچند نام آیت‌الله سید روح‌الله خمینی نیز در کنار تنی چند از علمای دیگر به عنوان مرجع تقلید نوشته شده بود، رژیم تمایل خود را برای مرجعیت آیت‌الله سید محسن حکیم در عراق نشان می‌داد و در کشور هم آیت‌الله سید محمدکاظم شریعتمداری را مطرح می‌کرد. پس از طرح لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی مراجع حوزه علمیه قم با انتشار اعلامیه به مخالفت با این تصویب‌نامه برخاستند. با مخالفت‌های جدی علما این لایحه لغو شد.
وی همچنین گروهی سیاسی، مذهبی با عنوان «مسلمانان دانشگاه تهران به رهبری حضرت آیت‌الله‌العظمی خمینی نائب‌المهدی (ارواحنا فداه) به منظور سرنگونی رژیم طاغوت و برقراری حکومت اسلامی و عدالت اجتماعی» را پایه‌ریزی کرد. این گروه در سال‌های 1341 و 1342 با هماهنگی دیگر گروه‌های اسلامی، هیأت‌های مؤتلفه‌ی اسلامی را به وجود آورد.
طاهری و دوستان‌شان تلاش خود را بر همراهی همه نیروهای مذهبی همچون انجمن‌های اسلامی دانشجویان، نهضت آزادی و یا جبهه ملی، با روحانیت گذاشتند. این گروه نام مشخصی نداشت و اعلامیه‌هایی که در این مدت پخش می‌کردند غالباً به امضای «مسلمانان دانشگاه تهران» منتشر می‌شد. ساواک برای رسیدن به کانون اصلی این گروه نام «گروه مهندس طاهری» را بر آنها نهاد. در ششم بهمن سال 1341 رفراندوم شاه برگزار شد. امام خمینی بار دیگر سر شوریدن برداشت و گروه طاهری نیز این نوارها را تکثیر و در دسترس دانشجویان و مردم مردم قرار داد.
در واقعه مدرسه فیضیه که در دوم فرودین 1342 و در سالروز شهادت امام جعفر صادق رخ داد طاهری در مشهد بود. اما توانست با همکاری هیأت‌های مؤتلفه اسلامی، اعلامیه امام خمینی بر ضد شاه و اقدامات ضددینی حکومت را چاپ و پخش کند.
او از پانزدهم فروردین 1342 تا نیمه خرداد چندین بار با امام دیدار و کسب تکلیف کرد. او دستورات امام خمینی را چنین یادآوری می‌کند: در هر جا که می‌توانید مفاسد رژیم را فاش کنید، و تکلیف این است که در افشای رژیم کوشا باشید.
با فرارسیدن ماه محرم امام خمینی در نوشته‌ها و سخنرانی‌های خویش اصرار داشت که سوگواری فاجعه مدرسه فیضیه و پس از آن جنایات اسرائیل بر ضد اسلام مطرح شود. روز عاشورا که همزمان با 13 خرداد 1342 بود، امام سخنرانی شدیداللحنی علیه رژیم ایراد کرد و به مفتضح ساختن حکومت شاه پرداخت. گروه طاهری این سخنرانی‌ها را تکثیر کرد و به دست مردم می‌رساند. بامداد روز پانزده خرداد امام در قم دستگیر شد و برای محاکمه و اعدام، او را به تهران بردند. مهندس طاهری نیز در کنار کسانی چون آیت‌الله ربانی شیرازی، این بار نیز به پشتیبانی از امام خمینی، به سراغ کسانی رفت که امضای آنها مبنی بر مرجعیت، می‌توانست از دادگاهی شدن امام خمینی جلوگیری کند. تلاش‌های او و دیگران در درون و برون کشور، شاه را از برگزاری دادگاه برای امام خمینی، برحذر داشت و امام خمینی از زندان آزاد شد.
طاهری پس از 15 خرداد 1342، نه تنها در شیراز که با سفر به شهرستان‌های دیگر فارس و جنوب کشور و به ویژه کازرون، اندیشه‌های امام خمینی را گسترش بیشتری داد و با شناسایی جوانان و مبارزان اسلام‌گرا، به ساماندهی و هماهنگی آنها دست زد. این ساماندهی و هماهنگی، در روزهای نخست هیچ روندی نداشت و تنها به پخش دیدگاه‌های امام و ارتباط با آنها از یک سو و حلقه واصل بین نیروهای انقلابی پیرو خط امام از سوی دیگر انجامید. اما با ادامه روند مبارزه، این هماهنگی و ساماندهی‌ها، کم‌کم به شرکت راه‌سازی اتقن، که با مدیریت او بود، راه یافت تا سازماندهی را نیز بر دیگر کارهای سیاسی خود بیفزاید.
در سال 1342، کازرون برای نخستین بار توانست سید عبدالحسین طباطبایی، که از نزدیکان آیت‌الله سید احمد پیشوا (از شاگران امام خمینی که نمایندگی امام در امور شرعی را نز دارا بود) را به مجلس شورای ملی بفرستد.
آبان 1343، عبدالحسین طباطبایی، که از محدود نمایندگانی بود که به کاپیتالاسیون رأی نداد، آیت‌الله سید احمد پیشوا، را در جریان این لایحه می‌گذارد و پیشوا نیز به سرعت امام خمینی را از درون‌مایه لایجه آگاه می‌سازد. امام خمینی پس از آگاهی از لایحه، سخنرانی تاریخی خود را انجام می‌دهد که به تبعید او می‌انجامد.
با افزایش درگیری‌های سیاسی در سال 43 و دستگیری‌ها، طاهری نیز تحت تعقیب قرار گرفت.
چاپ و توزیع اعلامیههای امام خمینی و دیگر علما و مراجع تقلید، آشنایی برخی از علمای شیراز به اقدامات سیاسی و صدور اعلامیههای ضدرژیم، صدور اعلامیههای سیاسی علیه رژیم با عناوینی چون «مسلمانان مبارز شیراز»، «مجاهدین اسلام»، «مسلمانان دانشگاه» و...، برنامه‌ریزی برای تخریب مراکز فساد، برگزاری نشست‌های سیاسی همچون دعا و زیارت، سخنرانی‌های سیاسی، برگزاری نشست‌های تفسیر قرآن، راه‌اندازی یا همکاری در پایه‌ریزی و اداره‌ی انجمن‌های اسلامی دانش‌آموزان، دانشجویان و مهندسین، راه‌اندازی انجمن‌ها و صندوق‌های خیریه، تسخیر ساواک شیراز، خلع سلاح کلانتری 3 و شهربانی مرکزی شیراز و... گوشه‌ای از فعالیتهای سیاسی او در شیراز است.
با راه‌اندازی سازمان مجاهدین خلق و دیگر گروه‌های التقاطی در کشور که تلاش برای جذب، ساماندهی، سازماندهی و از همه مهم‌تر مصادره مبارزه به نام خود داشتند، در سال‌های پایانی دهه چهل، سازمان مجاهدین اسلام را پایه‌ریزی کرد. این سازمان نه تنها مبارزه با رژیم ستم‌شاهی که مبارزه با خرافات، التقاط، بهاییت، مارکسیسم و لیبرالیسم را نیز دنبال می‌کرد. سازمان مجاهدین اسلام با پشتوانه دانش دینی و بهره‌گیری از علمایی چون آیت‌الله شیخ بهاءالدین محلاتی که خود صاحب فتوا بود، آیت‌الله شهید سید عبدالحسین دستغیب، آیت‌الله سید احمد پیشوا، آیت‌الله شیخ عبدالرحیم ربانی شیرازی در فارس و شهید آیت‌الله بهشتی، شهید آیت‌الله مطهری، شهید آیت‌الله مفتح و دیگر علمای مبارز، راه مبارزه اسلامی را پی می‌گرفت.
سازمان مجاهدین اسلامی، برپایه دیدگاه مهندس طاهری مبنی بر جهاد اصغر، جهاد اوسط و جهاد اکبر، به پرورش نیروهای انقلابی جوان و نوجوان در کشور پایه‌ریزی شد. مهندس طاهری در این باره می‌گوید: پس از سال 1343 و دستگیری‌های گسترده و زندانی شدن بسیاری از مبارزین به نام که اسلام را تنها راه رهایی می‌دانستند، بسیاری از جوانان مبارز مسلمان دچار آشفتگی‌های سیاسی و گاه عقیدتی می‌شدند. این آشفتگی‌ها گاه آنها را به لیبرالیسم شاهی، گاه به مارکسیسم و گاه به التقاط با لیبرالیسم یا مارکسیسم می‌کشاند. این آشفتگی تنها برای جوانان مبارز مسلمان نبود که دیگر جریان‌های مبارز همچون مارکسیست‌های توده‌ای و لیبرال‌های ملی‌گرا را نیز در برگرفت. برخی چون محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن، علی‌اصغر بدیع‌زادگان و ... که همگی از نیروهای مسلمان و مبارز به شمار می‌آمدند، هرچند در آغاز به سوی پژوهش، خوانش و اندیشیدن رفتند، در ادامه راه، جدایی از روحانیت را با این اندیشه که دیگر نیازی به روحانیت سنتی نداریم، پیش گرفتند و به ورطه التقاط افتادند. این انحراف از همان آغاز با هشدار برخی از علما همچون آیت‌الله ربانی شیرازی مواجه شد. التقاط، شاید در آغاز زاویه‌ای کمی با اسلامی داشت تا آن جا که بسیاری از آن گذر می‌کردند؛ اما با مرگ رهبران اولیه خود، زاویه بیشتر و تندتری به خود گرفت تا آن جا که آیه قرآن را از آرم خود پاک کردند و با بیانیه پرچم رسماً از پایان اسلام سخن گفتند و از مجاهد بودن به منافق بودن رسیدند. از این رو با بینشی که از آغاز زایش این گونه سازمان‌ها در سال‌های پس از 1343 می‌دیدیم، سازمان مجاهدین اسلام را برای پاسداری از اسلام ناب محمدی و خط مبارزه و پیروی از امام خمینی راه‌اندازی کردیم.
وی در سال 1348 برای دیدار با امام خمینی به نجف رفت و پس از بازگشت، بازداشت و زندانی شد.
رجبعلی طاهری یکی از پویش‌های مهم این سازمان را اینگونه روایت می‌کند: با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در 12 خرداد 1349، شاه، می‌خواست تا با برگزاری آیین پرسه (ختم) برای این مرجع تقلید، مردم را از مبارزه دور کند و با برنامه‌ریزی خود برای مردم مرجع بسازد. ما در شرکت اتقن و سازمان مجاهدین اسلام با برنامه‌ریزی که از پیش انجام دادیم، آیین پرسه شاهنشاهی آیت‌الله حکیم را در شیراز با همکاری برخی از بانوان، به تعطیلی کشاندیم. از آن سو با همکاری و همراهی علمای طراز اول فارس، آیین دیگری را در مسجد نو شیراز، برگزار کردیم. در این آیین آیت‌الله سید احمد پیشوا که از خطبا و سخنرانان پرآوازه آن روزگار فارس بود (آیت‌الله سید احمد پیشوا از شاگردان امام خمینی است که از سال 1340 حکم شرعی نمایندگی امام خمینی در فارس دارا بود. وی همان کسی است که طرح کاپیتالاسیون را به امام منتقل کرد.)، سخنرانی آتشین و انقلابی داشت و زمینه‌سازی را انجام داد. همه علمای فارس به ویژه آیت‌الله محلاتی که خود صاحب فتوا و از مراجع تقلید فارس به شمار می‌آمد و شهید آیت‌الله دستغیب بیانیه‌ای را در تأیید مرجعیت عام امام خمینی تنطیم کرده بودند، که پس از سخنرانی آیت‌الله پیشوا، سید علی‌محمد دستغیب که آن روزگار طلبه جوان تا از نجف برگشته‌ای بود، آن را خواند. با خوانش بیانیه، نیروهای رژیم، که در مسجد بودند با همکاری و هماهنگی با بخش دیگری که بیرون از مسجد ایستاده بودند، با شلوغ‌کاری و هرج و مرج، مراسم را بهم ریختند.
وی ادامه می‌دهد: از آن جا که پویایی رزمی و فعالیتهای چریکی برای جوانان هم جذابیت داشت و هم در روند مبارزه می‌توانست به نیروهای سازمان کمک کند و در ایران امکان برگزاری این دوره‌ها و آموزش‌ها وجود نداشت؛ از طریق شهید دکتر مصطفی چمران با سازمان امل و امام موسی صدر در لبنان هماهنگی انجام شد. نخستین گروه اعزامی، با مرگ ناگهانی و شهادت‌گونه علیرضا و غلامرضا باقری‌نژاد در شهریور 1350، که با ما همکاری داشتند و به ویژه علیرضا که با گروه نخست باید به لبنان می‌رفت، به تعویق افتاد. پس از مدتی نیز سازمان شناسایی و به دستگیری ما و برخی از دوستان ما انجامید.
این سازمان نیز همچون دیگر سازمان‌ها و گروه‌های درگیر مبارزه، در سال 1350، شناسایی و 9 تیر 1351 مهندس طاهری دستگیر و به جرم چاپ و پخش کتاب ولایت‌فقیه امام خمینی و راه‌اندازی گروهی که ساواک از آن به گروه 9 تیر یاد می‌کند، به سه سال حبس در زندان عادل‌آباد شیراز محکوم شد.
مهندس طاهری در کتاب خاطرات که توسط سازمان اسناد انقلاب اسلامی با عنوان لبخندهای زمستانی منتشر شده است از گروه دیگری نیز یاد می‌کند و می‌گوید: گروه تازه‌ای از انقلابیون مسلمان در سال ۱۳۵۰ سازمان چریکی ابوذر را زیر نظر آیت‌الله ربانی شیرازی تاسیس کردند و به مبارزه علیه رژیم پرداختند. در این سال همچنین آیت‌الله ربانی دستگیر و زندانی گردید. برنامهریزیهای ما علیه جشن‌های ۲۵۰۰ ساله نیز بسیار گسترش یافت. برنامه‌های ما برای برهم زدن نظم جشن‌های ۲۵۰۰ ساله، در واقع به شکل مخالفت با شاه و ایجاد مانع برای برنامهریزیهای رژیم بود. یکی از برنامه‌های مهم رژیم در دانشگاه شیراز، مسابقه‌ای تحت عنوان «انتخاب دختر شایسته» بود که همزمان با این جشن‌ها صورت پذیرفت. هدف از این مسابقه انتخاب برهنه‌ترین و در عین حال زیباترین دختر دانشگاه بود که پس از گزینش توسط داوران به آمریکا اعزام می‌شد و در آنجا هم دختر شایسته جهان را انتخاب می‌کردند. ما که می‌دانستیم هدف اساسی و نهایی چنین مراسمی، ایجاد فضایی مملو از فساد و فحشاء در محیط دانشگاه است، ابتدا با انتشار اطلاعیه‌ای از دانشجویان خواستیم که در این اجتماع شرکت نکنند و تهدید کرده بودیم که چنانچه کسی در آن جمع حضور یابد مجازات خواهد شد و حداقل مجازات برای دختران شرکت کننده، پاشیدن روغن سیاه به سر و صورتشان بود. مجموع این تهدیدها به شدت بر نحوه کار تاثیر گذاشت، خصوصاً که گروهی از دانشجویان به رهبری آقایان دکتر بهتاش و مهندس محمد حجت با به آتش کشیدن پرده تالار مراسم و ایجاد رعب و هراس در بین شرکت‌کنندگان، محیط را متشنج کردند. در جریان مبارزه با برگزاری مراسم جشن‌های ۲۵۰۰ ساله نیز حرکت‌های مختلفی انجام شد که در جریان یکی از این برنامه‌ها، احمد توکلی دستگیر و از دانشگاه اخراج شد. قطع برق بسیاری از اماکن، انفجارهای متعدد در زمان برگزاری مراسم و پخش اعلامیههای ضد رژیم، از جمله اقداماتی بود که ما برای برهم زدن جشن‌های شاهنشاهی صورت دادیم. پخش اعلامیه در مراسم دعای کمیل، نمازجمعه، بازار وکیل و همچنین در مساجد صورت می‌گرفت. روش توزیع اعلامیه در مساجد به گونه‌ای بود که برای عدم شناسایی اعضای گروه، اعلامیه‌ها از دریچه‌های پشت بام روی سر مردم می ریختیم و مامورینی که در بین جمعیت قرار داشتند قادر به شناسایی یا دستگیری افراد ما نمی‌شدند. نوع فعالیت ما در این ایام، شرایطی را به وجود آورده بود که ساواک گیج و منگ شده و در همان حال برای دستگیری انقلابیون، از ساواک تهران به ساواک شیراز فشار آورده می‌شد. در تهران مشخص شده بود که گروهی به نام «گروه مهندس طاهری» مسئولیت این اقدامات را بر عهده دارد و عدم شناسایی گروه ما را از ناتوانی ساواک شیراز می‌دانستند. چندی پس از آن، با توجه به استفتایی که از مرحوم آیت‌الله محلاتی صورت گرفت و منتشر شد، تصمیم گرفتیم در مسجد ولیعصر شیراز مجلس ترحیمی به مناسبت تجلیل از مرحوم سعید محسن، اصغر بدیع‌زادگان و محمد حنیف‌نژاد که توسط رژیم اعدام شده بودند، برگزار کنیم. البته همزمان با دستگیری این سه نفر، تعدادی از علما و مراجع تلاش زیادی به عمل آوردند تا شاید از اعدام آنها جلوگیری نمایند اما فعالیت آنها به جایی نرسید و رژیم هر سه نفر را اعدام کرد. مجموعه این حرکت‌ها به علاوه برگزاری جلسات هفتگی سیاسی ـ مذهبی گروه که روزهای جمعه در مسجد شمشیرگرها برگزار می‌شد دست به دست هم داد و فعالیت عوامل ساواک که شدیداً در پی یافتن مدرک یا سرنخی برای شناسایی و دستگیری اعضای گروه ما بودند را بسیار تشدید می‌کرد. فعالیت ما در آن دوران نسبتاً زیاد شده بود. از پخش اعلامیه در محکوم ساختن مراسم جشن هنر شیراز و جشن‌های ۲۵۰۰ ساله، تا انفجار مراکز فساد و مشروب‌فروشی‌ها و تلاش برای برهم زدن مراسمی مانند انتخاب دختر شایسته. ساواک در پیگیری تمام این ماجراها به بن‌بست رسیده بود و اگر هم احیاناً کسی را دستگیر می‌کرد، قادر به کشف موقعیت سایر اعضای گروه نبود و همان شخص دستگیر شده تمام فعالیت‌ها را به گردن خود می‌گرفت…ما طی سال‌های ۵۱ـ ۱۳۵۰ به دستور حضرت امام که تاکید بر تداوم جلسات داشتند به توسعه فعالیت خویش پرداختیم. جلسه‌ها از مسجد شمشیرگرها، به مسجد آقا کریم(مسجد رضا) و منزل اعضای گروه هم گسترش یافت. در نشست‌هایی که به جلسات «صبح جمعه» مشهور شده بود، کارها و برنامه‌های اصلی مرور می‌شد و آخرین بیانات حضرت امام قرائت می‌گردید. در این جلسات همچنین جوانانی که توانایی مبارزه در گروه‌های چریکی را داشتند، شناسایی می‌شدند. در آن جلسات شخصی به نام زارع هم شرکت می‌کرد. مدتی بعد، زارع توسط عوامل ساواک بازداشت شد و موجب گردید که مسائل داخلی ما لو برود. به علاوه رژیم دریافته بود که در این جلسه، افرادی با سوابق سیاسی و عناصری حساس و اصلی از تشکل‌های مخفی حضور دارند. ساواک پس از آن تصمیم گرفت که با شناسایی و دستگیری اعضای جلسه، به عناصر اصلی آن دست یابد.
عباس معماریان،، در آذز ماه 1393 در شماره 22 اندیشه پویا از نشست‌های قرآنی مهندس طاهری در روزهای جمعه و عضوگیری غیررسمی برای این سازمان حکایت می‌کند که در این نشست‌ها گاه برخی از رده‌های بالای سازمان مجاهدین خلق همچون سعید شاهسونی و رسول مشکین‌فام نیز شرکت می‌کردند. عباس معماریان از نخستین کسانی است که برای آموزش نظامی به عراق می‌رود تا از آن جا برای دوره آموزشی به لبنان و فلسطین فرستاده شود اما در عراق، آموزش خود را می‌گذارند و با اسلحه و مهمات نزد مهندس طاهری برمی‌گردد. گروه دیگری پس از او نیز راهی این سفر می‌شوند که مرزبانی ایران، آنها را دستگیر می‌کند. این دستگیری زمینه‌ساز شناسایی و دستگیری مهندس طاهری در نهم تیرماه 1351 می‌شود.
معماریان می‌گوید: مهندس طاهری به من گفت، در زندان نذر کردم که اگر لو نروی، در هفته یک روز، روزه بگیرم. ماجرای سفر من به عراق تا پیروزی انقلاب مکتوم ماند و مهندس طاهری تا روز آخر عمرش به نذرش وفا کرد. (گفتنی است مرحوم مهندس طاهری همه ماه رجب، شعبان و رمضان را روزه بود. همچنین روز سکته پایانی نیز، روزه بودند.)
وی همواره بر اصالت اسلامی مبارزه تأکید داشت و به همین دلیل حتی در زندان نیز به اقامه‌ی جماعت، برگزاری کلاس‌های اعتقادی و مبارزه با گروه‌های انحرافی از قبیل مارکسیست‌ها و سازمان مجاهدین خلق می‌پرداخت.
با آزادی او، اوج‌گیری و همه‌گیری انقلاب نیز فرایند خود را آغاز کرد. در این برهه نیز مهندس طاهری برای جلوگیری از انحراف، شورای تظاهرات فارس را راه‌اندازی کرد. این شورا کارکردی شبیه به شورای انقلاب را داشت. با راه‌اندازی این شورا، ساماندهی، هماهنگی و سازماندهی انقلاب سرعت بیشتری گرفت و مهندس طاهری بیش از پیش برای مردم شناخته شد. با راه‌اندازی شورای انقلاب کشور، مهندس طاهری، نماینده این شورا در فارس شد و شورای تظاهرات در شورای انقلاب ادغام گردید.
با ورود امام خمینی به ایران در 12 بهمن ماه 1357، فجر انقلاب دمیدن گرفت. هرچند مهندس طاهری خود نتوانست برای ورود امام به تهران برود، اما نمایندگانی را به تهران فرستاد تا از این پس با هماهنگی و همراهی شورای انقلاب و امام خمینی، انقلاب را فارس سامان دهد.
وی در این باره می‌گوید: با نزدیک شدن به پیروزی انقلاب و ورود امام خمینی، همه‌گیری و تندی بیشتری از مردم دیده می‌شد. برخی گروه‌ها و سازمان‌ها همچون فداییان خلق، مجاهدین خلق و ... برای مصادره انقلاب، با همه هماهنگی‌هایی که ما حتی با برخی از رهبران این گروه‌ها داشتیم، ناهماهنگی درست می‌کردند و ساماندهی و هدایت را برای ما دشوار می‌کردند. ما تلاش داشتیم تا با کمترین درگیری مسلحانه و کشته و مجروح، کار را پیش ببریم، هرچند این گروه‌ها و سازمان‌ها به دنبال درگیری و خونریزی بودند. شب 22 بهمن، ساواک، شهربانی، ژاندارمری و ارتش خود را تسلیم کردند. از آن جا که دستور از شورای انقلاب و امام به ما رسیده بود که مواظب باشید تا اسلحه به دست مردم نیفتد و اسناد نابود نشود، از آنها خواستیم تا خود، به محافظت از اسناد و اسلحه‌ها نگهبانی و نگهداری کنند. شب قرار شد تا سید علی‌محمد دستغیب فردا صبح در حرم شاهچراغ (ع) متن شورای انقلاب را بخواند و پیروزی انقلاب را به مردم برساند. سید علی‌محمد دستغیب به دلیلی که بر ما روشن نشد، از این کار سر باز زد و در تصمیمی آنی، شورای انقلاب این کار را بر دوش من گذاشت. همراه با برخی از دوستان همچون سید علی‌اصغر دستغیب به شاهچراغ رفتم. هنوز سخنرانی خود را آغاز نکرده بودم که به ما گفتند مردم با شهربانی درگیر شده‌اند. از این رو با اعلام پیروزی انقلاب از همگان خواستم تا از درگیری جلوگیری کنند و نگذارند برخی‌ها اسناد یا اماکن دولتی و نظامی را غارت یا تخریب کنند و خودم را برای پایان دادن درگیری به شهربانی رساندم تا از درگیری و خونریزی بیشتر جلوگیری کنم.
با پیروزی انقلاب، این شورا مسئولیت امنیت را نیز بر دوش گرفت.
یک ماه پس از پیروزی انقلاب اسلامی، شورای انقلاب و دولت موقت، مسئولیت راه‌اندازی و فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و کمیته‌های انقلاب در فارس را به مهندس طاهری سپردند. مهندس طاهری نیز در اسفند 57 سپاه را در فارس پایه‌گذاری کرد.
وی همچنین به عضویت شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی درآمد.
با پیروزی انقلاب اسلامی، گروه‌ها و سازمان‌هایی که می‌خواستند انقلاب را مصادره کنند، به درگیری نظامی رو آوردند. از همه آنها شدیدتر، درگیری قشقایی‌ها زیر نام خسرو خان و ناصر خان قشقایی، با جمهوری اسلامی بود که بسیار به درازا کشید. در این زمینه امام خمینی نمایندگی خود را به مرحوم مهندس رجبعلی طاهری و شهید آیت‌الله ربانی شیرازی داد. این دو خواستار امان‌نامه‌ای برای بیرون کشیدن دو ایلخان قشقایی و سپس برخورد با عبدالله خان، سرکرده شورشیان شدند. مهندس طاهری می‌گوید: امام امان‌نامه را داد. در شیراز و فارس، برخی از تندروهای انقلابی، ما را هوادار خان خواندند و روبروی ما ایستادند. چندین بار از راه‌ها و کسان گوناگونی به ویژه از قشقایی‌ها، تلاش کردیم تا نامه را به ایلخان‌های قشقایی برسانیم؛ اما از هر دو سو دچار سختی بودیم. ما می‌دانستیم که دو ایلخان، پس از سال‌ها تبعید و دوری از دیار خود، نمی‌دانند چه شده است و در تنگنا هستند. عبدالله خان نیز با سوءاستفاده از این دو ایلخان مبارز، می‌خواهد خود را جا بیندازد تا بتواند دیدگاه‌های مارکسیستی خود را به مردم بخوراند. از راه‌های گوناگون برای رساندن امان‌نامه امام خمینی و بیرون کشیدن این دو خان قشقایی اقدام کردیم. اما متأسفانه تندروی‌های برخی از به اصطلاح انقلابیون از این سو و بسته شدن راه‌ها از سوی اردوی عبدالله خان که گرایش‌های مارکسیستی داشت و با بهره‌گیری از نام آن دو دست به شورش زده بود، راه را برای ما بسیار دشوار کرد. هرچند توانستیم نامه را با دادن چند شهید به دست ناصرخان و خسروخان برسانیم.
ناصرخان با بیرون آمدن از اردوی فتنه‌گران، بار دیگر از ایران بیرون رفت و از راه ترکیه راهی آمریکا شد تا سال‌های پایانی زندگی را در آن جا سپری کند.
خسرو خان نیز پس از درگیری‌های زیاد دستگیر شد.
هاشمی رفسنجانی در نوشتار 23 خرداد 1361 خود می‌نویسد: بحث درباره انجمن حجتیه و دستگیری خسرو قشقایی داشتیم که آقای مهندس طاهری مدعی است که به او تأمین داده شده بود که آمد، اما سپاه و استانداری قبول ندارند و می‌گویند که او برای فرار به خارج از کشور به شیراز آمده بود.
هاشمی رفسنجانی در نوشتار 2 تیر 1361 خود می‌نویسد: دادستانی جزوه‌ای از وضع خسرو قشقایی را فرستاد تا ثابت کند که او با تأمین برنگشته و به‌منظور فرار به شیراز آمده است. مهندس طاهری مدعی است که او با تأمین‌ایشان آمده است. ممکن است که خسرو[قشقائی] درصدد فرار بوده ولی تأمین آقای طاهری را وسیله‌ای برای نجات از دستگیری احتمالی کرده باشد.
مهندس رجبعلی طاهری، به اصرار مردم کازرون، برای نخستین دوره انتخابات مجلس شورای ملی پس از انقلاب نامزد شد و به نمایندگی مردم کازرون به مجلس راه یافت. در همین دوره مجلس تصویب شد که نام مجلس از مجلس شورای ملی به مجلس شورای اسلامی تغییر کند.
طاهری در نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، برای پی‌ریزی ریشه‌ای قوانین در راستای پایه‌ریزی نظامی تندرست و شاداب و به دور از فساد تلاش‌های بسیاری از خود نشان داد. یکی از مسایلی که وی آن را دنبال می‌کرد، اصلاح نظام و ساختار اقتصادی بود که به باور او اصلاح ساختار اقتصادی، بدون اصلاح ساختار پولی بر پایه گفتمان عدالت‌‌محور، محقق نخواهد شد. همچنین عدالت و آزادی بدون داشتن گفتمان، آینده‌پژوهی و دیدگاه بلندمدت و دیدگاه فرهنگی، اجتماعی و سیاسی بر پایه اعتقادات اسلامی بوجود نخواهد آمد؛ و ریشه همه آنها در اقتصاد و ریشه اقتصاد در ساختار پولی کشور است.
وی در سه کمیسیون «طرح‌های انقلابی»، «مسکن و شهرسازی و راه و ترابری» و «صنایع، معادن و نفت» عضو بود.
طاهری در مجلس، نخستین کسی بود که طرح عدم کفایت سیاسی سید ابوالحسن بنی‌صدر، نخستین رئیس‌جمهوری اسلامی ایران را ارائه کرد و از مخالفان شدید و جدی سیاست‌های اقتصاد سوسیالیستی مهندس میر حسین موسوی بود.
طاهری در هفتم تیرماه 60، اندکی پیش از انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی، به دلیل کارهای مربوط به حوزه انتخابیه خود، از سالن اجلاس شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی بیرون آمد.
نماینده مردم کازرون در نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، پس از انفجار دفتر نخست‌وزیری و شهادت رجایی و باهنر، رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر، در روز تشییع جنازه، متوجه توطئه و فتنه‌انگیزی برخی برای فراری دادن کشمیری شد.
منافقین که کینه کهنه‌ای از او به دل داشتند، بارها او را ترور کردند که هر بار، نتوانستند به آرزوی خود برسند.
هاشمی رفسنجانی از انتقادات تند و بی‌پرده طاهری درباره دادگاه‌های انقلاب در نوشتار 13 مرداد 1362 خود چنین یاد می‌کند: آقای مهندس طاهری مطالبی راجع به دادگاه انقلاب شیراز داشت و از تندروی آنها انتقاد می‌کرد.
هاشمی همچنین درباره دفاع از مردم به عنوان ویژگی مهندس طاهری در نوشتار 22 شهریور 1367 چنین می‌نویسد: شب مجمع تشخيص مصلحت جلسه داشت. بازاري‌ها و وزارت اطلاعات از عملكرد تعزيرات حكومتي انتقاد كردند و آقايان [حميد] ميرزاده و مهندس طاهري جواب دادند و قرار شد سازمان بازرسي كل كشور، موارد اختلاف را بررسي كند.
طاهری مسئولیت واحد قوه‌ی مقننه و عضویت دفتر سیاسی حزب جمهوری اسلامی، مشاور ستاد کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، عضو شورای مرکزی کمیته امداد امام خمینی، عضویت در هیأت امنای بنیاد رسالت، مشاور وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح در امور مجلس، مشاور سازمان صنایع دفاع در امور مهندسی، بازرس فنی وزارت راه و ترابری، مجری طرح قدس، دبیری جامعه‌ی اسلامی مهندسین، مسئول دفتر آیت‌الله حائیری، امام جمعه پیشین شیراز از دیگر مسئولیت‌هایی است که پس از انقلاب بر دوش داشت.
او که در سال 1372، به کارزار سیاسی ششمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری پای گذاشت، «مبارزه با رباخواری» را در در همه سخنان خود مطرح می‌کرد و آن را شاه‌بیت تمام مشکلات کشور می‌دانست. رجبعلی طاهری خود را تنها رقیب اکبر هاشمی رفسنجانی در انتخابات ششمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری می‌دانست که صدا و سیمای برادر رفسنجانی، نزدیک به ده دقیقه از فیلم انتخاباتی او را پخش نکرد تا او پس از احمد توکلی، گزینه سوم مردم در آن انتخابات باشد.
خود در این باره می‌گوید: من درباره اقتصاد و تورم و این‌جور چیزها صحبت کردم. آن موقع که آقای هاشمی دوره ۴ ساله خود را سپری کردند، من هم وظیفه خود می‌دانستم که اسم بنویسم و برنامه حذف ربا و احیای قرض‌الحسنه را پیشنهاد دهم. من صحبت‌هایم را کردم؛ اما متاسفانه آن موقع برادر ایشان رئیس تلویزیون بودند و ۱۰ دقیقه از صحبت‌های من را بدون خبر و اطلاع، سانسور کردند و تبدیل به ۲۰ دقیقه شد. در نتیجه خیلی از آرای من از بین رفت. [در آن ده دقیقه] من ایراد گرفته بودم که این برنامه‌ای که آقای هاشمی رفسنجانی با عنوان توسعه موازی و توسعه متمرکز دارند، به ضرر مملکت است و نتیجه مسائل اقتصادی بود که امام مجبور شد که قطعنامه را قبول کند و اگر برنامه ما توسعه موازی بود این مشکلات ایجاد نمی‌شد. این مباحث را در نشریه خود به نام «انتظار» از سال ۷۲ که کاندیدای ریاست‌جمهوری بودم منتشر می‌کنم... همچنین در مناظره با عبدالله جاسبی دیگر نامزد آن دوره انتخابات گفتم هیچ‌گونه ابایی برای مذاکره با آمریکا ندارم، مذاکره یک حربه است و ما نباید خودمان را خلع سلاح کنیم، برای گرفتن حقوق ملت ایران همان‌طور که دکتر مصدق به دادگاه لاهه رفتند برای دفاع از حقوق ملت ایران، از این مذاکره استفاده می‌کنم. در نهایت این مذاکره عاقبتش تبدیل می‌شود به مقاتله یا مصالحه. به هر حال این مذاکره باب شد و برای بسیاری جالب بود و حتی من در خارج از کشور نفر اول شدم.
طاهری، برای بیان گفتمان خود، در سال 1373 نشریه «انتظار» را راه‌اندازی کرد که حدود 47 شماره از این نشریه تا پایان حیات وی منتشر شد.
در این برهه نیز او به انتقاد از دولت و به ویژه دیدگاه‌های امنیتی و اقتصادی آن پرداخت. این مواضع تند او زمینه را برای بیرون رفتن برخی عناصر اطلاعاتی فاسد از فارس شد. این‌ها همان آمران و مجریان قتل‌های زنجیره‌ای بودند که چند سال بعد دستگیر و به دادگاه رفتند.
وی همچنین درباره نیمه نخست دهه هشتاد چنین می‌گوید: در دوره خاتمی صحبت‌هایی که با ایشان داشتم امید داشتم ایشان کاری انجام دهند. به همین دلیل در دوره خاتمی اسم ننوشتم چراکه ایشان برنامه‌ای به نام ساماندهی امور اقتصادی داشتند که متاسفانه عملا کاری نشد. در عین حال امید داشتیم که ایشان بتوانند کاری بکنند. دوره ایشان گذشت.
مهندس طاهری بار دیگر سال 1384، در انتخابات ریاست جمهوری نهم پای در کارزار انتخاباتی گذاشت که این بار از سوی شورای نگهبان، صلاحیت او احراز نشد. وی در این بار می‌گوید: با این نیت اصلی ثبت‌نام کردم که بزرگترین مشکل این کشور، رباخواری است و نتیجه این است که تولید و اشتغال کم می‌شود. متاسفانه من را حذف کردند... در هر صورت خلاصه حرف من این است که مملکت ما اقتصادش پایه‌اش بر رباخواری است و من مرتب در مجله‌ام از شماره یک تا آخرین شماره که ۳۸ است در طول این ۱۶ سال اعلام کردم. مسئولان بلندپایه کشور هم حرف‌های من را تایید کردند.
مهندس طاهری در هر دو مرحله انتخابات سال 1384، به محمود احمدی‌نژاد رأی داد؛ چرا که گمان بر مبارزه احمدی‌نژاد با ربا از یک سو و اصلاح ساختار پولی و اقتصادی داشت. طاهری بارها با احمدی‌نژاد در این باره سخن گفت و پیشنهادها، راهکارها و دیدگاه‌های خود را کتبی و شفاهی به او رساند. احمدی‌نژاد، از دیدگاه‌های او هیچ بهره‌ای نبرد و این شد تا مهندس طاهری چندین بار با حضور امام خامنه‌ای دیدگاه‌های خود را بیان کند. امام خامنه‌ای با تأیید دیدگاه‌های مهندس طاهری، آن را دیدگاه درست، انقلابی و همان دیدگاه خود در زمینه اقتصادی دانست و از احمدی‌نژاد خواست تا به آن بپردازد.
انحراف احمدی‌نژاد از اصول گفتمانی انقلاب به ویژه در زمینه اقتصادی، زمینه مخالفت‌های آشکار مرحوم مهندس طاهری با احمدی‌نژاد شد. این اختلاف‌ها تا سال 1388 ادامه پیدا کرد و مهندس طاهری، در سخنرانی‌های خود آشکارا بر احمدی‌نژاد خرده می‌گرفت. این تندی‌ها، این شبهه را برخی ایجاد کرد که انتخاب طاهری، میرحسین موسوی است. برخی خبرنگاران و رسانه‌ها نیز آشکارا مخالفت‌های مهندس طاهری با احمدی‌نژاد را موافقت با میر حسین موسوی تیتر کردند. مهندس طاهری نیز در بیانیه‌ای که 20 خرداد ماه نوشت، موضع خود را آشکار و بی‌پرده با حمایت از دکتر محسن رضایی بیان داشت. هرچند هیچ‌کدام از آن رسانه‌ها بیانیه مهندس طاهری را در رسانه‌ی خود منتشر نکردند.
او پس از انتخابات 88، هر دو سوی ماجرا، یعنی میرحسین موسوی و کروبی در یک سو، و محمود احمدی‌نژاد در سوی دیگر، مقصر می‌دانست؛ هرچند برای پایان دادن به این فتنه رنگارنگ، همه تلاش خود را انجام داد.
طاهری در روز 24 مهر ماه 1392 (مصادف با عید سعید قربان) پس از چهار روز کما در سن 77 سالگی دیده از جهان فروبست.
بسیاری از شخصیت‌های سیاسی، مذهبی، فرهنگی و اجتماعی کشوری، استانی و شهرستانی، چه آنان که امروز پستی دارند و چه آنان که پستی ندارند، درگذشت او را با تعریف‌های خود تسلیت گفتند.
امام خامنه‌ای در پیام تسلیت خود او را یار دیرین امام و انقلاب دانست.
کد مطلب : ۲۳۱۰۳
با سلام.
در یادداشت مرحوم مهندس طاهری، همه آن چه آمده است یا در گفتگو با نویسنده یعنی محمدمهدی اسدزاده بوده یا اگر از جایی نقل قول شده سند آن نیز بیان شده است.
درباره گفتگو جناب علی اسدزاده که نامی از آیت‌الله ایمانی برده این گفتگو به نقل از خبرگزاری نسیم است که در لینک آن نیز آمد.